Los agroecosistemas están conformados local y regionalmente por culturas y por ambientes bióticos y abióticos. Se estructuran por una o más especies domesticadas y pueden incluir especies semidomesticadas o silvestres, todas ellas formando redes de interacciones, simples o complejas. Aunque la evolución bajo domesticación ha sido estudiada ampliamente, raramente se ha enfocado al conjunto de especie domesticadas y sus simbiontes (llamado holobionte) y a la dinámica evolutiva de las interacciones bióticas en los agroecosistemas. Los efectos de la selección artificial sobre el genoma de un cultivo también afectan a los simbiontes asociados. Por ello, los simbiontes y sus interacciones con el cultivo son muy diferentes cuando los cambios genéticos del cultivo ocurren dentro o fuera de un agroecosistema. Los holobiontes de agroecosistemas tradicionales se adaptan y ajustan a las especies domesticadas o arvenses (microbios, plantas y animales) con las que interactúan. En cambio, los holobiontes sintéticos desarrollados in vitro, invernaderos o en campos experimentales, pierden prácticamente todos los simbiontes obligados asociados a las variantes ancestrales. Cuando los holobiontes sintéticos se cultivan en agroecosistemas simplificados pueden adquirir nuevos simbiontes, no necesariamente benéficos, con los que se establecen redes de interacciones simplificadas. En esta plática, examinaré la tesis de que las trayectorias evolutivas de los holobiontes y las especies arvenses de agroecosistemas tradicionales generan redes de interacciones coevolucionadas y/o adaptadas a las condiciones locales que contribuyen a la sustentabilidad del agroecosistema. En contraste, las trayectorias evolutivas de los holobiontes sintéticos generan carreras armamentistas entre antagonistas de los cultivos y los agricultores, a través del uso de agroquímicos sintéticos, que resultan en agroecosistemas no sustentables. Así, el aumento de biodiversidad necesario para la transición hacia la agricultura sustentable debe de ser obtenido enriqueciendo a los agroecosistemas con especies compatibles entre sí y con holobiontes cultivados y adaptados a las condiciones locales.