El cambio de uso de suelo y el cambio climático están amenazando el mantenimiento de la biodiversidad a nivel global. Estos cambios ambientales afectan negativamente parámetros poblacionales como la distribución, conectividad del paisaje, abundancia o diversidad y estructura genética en vertebrados, incrementando el riesgo de extinción de estos. En este estudio se evaluó la respuesta de Pseudoeurycea robertsi a cambios en la cantidad y configuración del hábitat, a escala local y de paisaje en el Nevado de Toluca, así como la diversidad y estructura genética y la conectividad del paisaje, para determinar áreas importantes de conservación, finalmente evaluamos la pérdida de cobertura forestal en el Nevado de Toluca y una zona de amortiguamiento de 20 km a su alrededor, antes y después del cambio de categoría en 2013. Se encontró que la abundancia de P. robertsi está más estrechamente relacionada con variables locales y del paisaje que la diversidad genética. La cantidad de hábitat a nivel local (volumen de troncos caídos) fue el predictor más importante, y se asoció positivamente con la abundancia y el número de alelos. La configuración del paisaje que rodea los sitios de muestreo también juega un papel importante. Así mismo, encontramos los niveles más altos de diversidad genética y conectividad en la parte noroeste del volcán. El sitio de muestreo Mesón Viejo fue el área más importante en términos de conectividad, además de presentar altos niveles de diversidad genética. La característica del hábitat más importante asociada con la probabilidad de presencia de P. robertsi fue el bosque de Abies religiosa y dos modelos fueron significativos bajo el análisis RDA: el bosque de A. religiosa y el bosque de A. religiosa+pastizales. La pérdida de cobertura forestal aumentó tras el cambio de protección del Nevado de Toluca; 39.7 hectáreas/año (6.7 ha/año) entre 2001 y 2013 versus 106.0 hectáreas/año (40.2 ha/año) entre 2014 y 2019. La deforestación total ocurrió en 49.6 hectáreas durante el año 2018. Según nuestro mapa forestal, el 54.8% del bosque de A. religiosa y el 32.5% del bosque de pino se encuentran dentro de la zona de aprovechamiento forestal. Recomendamos priorizar las áreas del noreste y centro del volcán en los programas de conservación y que la categoría actual de "Área de Protección de Flora y Fauna" debe ser reconsiderada, y la categoría de Reserva de la Biosfera debe de ser considerada como candidata a un nuevo estatus de protección.