La guacamaya verde (Ara militaris) es una especie en peligro de extinción con escasa información disponible sobre su historia natural. Uno de los principales problemas con respecto a su estudio ha sido la identificación de individuos, que alcanzan rápidamente el tamaño adulto y carece de dimorfismo sexual. Las técnicas de marcado tradicionales utilizadas para identificar individuos requieren su captura; sin embargo, existe un alto riesgo de lesionarlos. Además, el marcado puede influir en el comportamiento, la reproducción y la supervivencia, por lo que hay una alta probabilidad de perturbar a la población. Para minimizar tales perturbaciones, es aconsejable utilizar marcas naturales para identificar a los individuos. La foto-identificación es una técnica de marcado que puede ayudar a identificar a los individuos sin perturbar a las poblaciones. En el caso de la guacamaya verde, las líneas de la cara (patrones de plumas) presentan marcas naturales que pueden usarse para la foto-identificación de individuos, utilizando software especializado. En el presente estudio, probamos la utilidad (efectividad) de la foto-identificación en 24 individuos en cautiverio. Se encontraron diferencias significativas entre los patrones de plumas en los lados derecho e izquierdo de la cara del mismo individuo y también entre los patrones de plumas en los lados derecho e izquierdo entre los individuos. Proponemos que la foto-identificación para las guacamayas verdes es una técnica confiable para distinguir a los individuos dentro de una población, abriendo la puerta a estudios ecológicos más específicos.