La domesticación de las plantas  promueve divergencias morfofisiológicas, genéticas e incluso ecológicas (ej. herbivoría), de las variedades cultivadas con respecto a sus ancestros silvestres.  Sin embargo, existen sesgos metodológicos que hasta ahora no se suelen tomar en cuenta en los estudios de domesticación de plantas. En este sentido, el cultivo de pitaya (Stenocereus queretaroensis) representa un buen modelo de estudio, pues se encuentra dentro de su centro de domesticación, es un cultivo perenne, tiene gran importancia local y es una de las pocas cactáceas domesticadas. El objetivo de este estudio fue: conocer los criterios selectivos que emplean los agricultores en su selección y evaluar la divergencia morfológica a lo largo de un gradiente de domesticación, atendiendo especialmente rasgos asociados a la defensa vegetal. El estudio se llevó a cabo durante la época reproductiva de la planta (abril- mayo 2019), en Techaluta de Montenegro, Jalisco. Las variedades muestreadas fueron: silvestre, Amarilla, Roja, Tenamaxtle, Blanca, Morada y Mamey (N=210). El diseño experimental constó de dos partes complementarias: un método etnobotánico basado en 30 entrevistas semiestructuradas dirigidas a productores y un método cuantitativo de caracteres morfofisiológicos de las variedades mencionadas. Las entrevistas indicaron que los caracteres más buscados en el fruto son: dulzura, mayor tamaño y fácil manejo en el corte/pelada. Las cuales, según los agricultores se encuentran reunidas en la variedad Mamey, aquella de mayor valor económico y mayor extensión del cultivo en la región. Sorprendentemente,  los análisis de los caracteres morfológicos mostraron que la variedad Mamey, no es la de mayor tamaño, ni la de mayor cantidad de azúcares en pulpa. Además, es la variedad que sufre mayor herbivoría, y presenta otras características desventajosas mencionadas por los agricultores: la cantidad de abortos florales y tamaño de brazos. Esta discordancia puede explicarse a través de la hipótesis de domesticación reducción de defensas, y que en realidad lo que los agricultores se encuentran seleccionando son caracteres fisiológicos (como los colores que están correlacionados con los metabolitos secundarios, por ejemplo) asociados al sabor del fruto y al fácil manejo, que a su vez tienen importantes funciones en sus interacciones con sus enemigos naturales.