La interacción entre plantas insectos y microbios es fundamental para el ensamblaje y funcionamiento de ecosistemas con y sin manejo humano. Sin embargo, dicha interacción podría alterarse a consecuencia de la introducción de transgenes hacia poblaciones silvestres y la dispersión de efectos residuales sobre organismos no blanco (ONB). Las especies nativas asociadas a las plantas silvestres podrían inesperadamente verse afectadas al interactuar con los atributos novedosos de plantas transgénicas silvestres (PTS). En México, las poblaciones silvestres de algodón (Gossypium hirsutum) ofrecen un sistema propicio para evaluar el impacto de PTS sobre ONB y sus microbios asociados por dos razones eco-evolutivas: 1) México es considerado Centro de Origen y Diversidad de G. hirsutum. Ello implica que a lo largo de millones de años ha mantenido interacción ecológica y evolutiva con insectos nativos y sus microbios acompañantes. Y 2) Desde 1996 en México se cultiva algodón genéticamente modificado (GM) resistente a insectos (cry1Ab/Ac, cry2) y tolerante a herbicidas y pesticidas (CP4-EPSPS). Diez años después se encontró evidencia de flujo génico entre algodón GM y poblaciones silvestres. Actualmente los rasgos ecológicamente novedosos de los transgenes se han introducido en la mitad de las poblaciones silvestres de algodón en México. Mientras tanto, nuestro conocimiento ante sus efectos residuales sobre insectos nativos y sus microbios asociados permanece superficial. A razón de lo anterior, nuestro estudio comparó la comunidad microbiana intestinal de chinches de género Dysdercus colectadas sobre algodón silvestre con y sin transgenes (cry1Ab/Ac) mediante la secuenciación masiva en paralelo del ARNr 16S. Reportamos diferencias significativas en la complejidad de la red microbiana intestinal entre hospederos alimentados de algodón silvestre con y sin introgresión transgénica. Se detectaron cambios en el grado, la centralidad por intermediación y la identidad de los taxa que conforman la red microbiana intestinal cuando Dysdercus se alimentó con transgenes. Curiosamente los efectos encontrados son dependientes del sexo del huésped. Nuestros resultados sugieren efectos residuales inesperados sobre la microbiota intestinal de un ONB relacionados con la presencia de cry1Ab/Ac. Identificar, cuantificar y reportar los efectos residuales de la ingeniería genética en los ecosistemas naturales proporcionará conocimientos de primera línea para la toma de decisiones informadas en la gestión de recursos genéticos, ecológicos y evolutivos. Un primer paso hacia la conservación de los ecosistemas naturales con evidencia de introgresión transgénica es determinar qué ONB interactúan con las PTS y cómo lo hacen.