Las plantas que crecen sobre sustratos de yeso o gipsófitas, usualmente en zonas áridas y semiáridas, suelen presentar una distribución restringida a los mismos creando paisajes característicos que albergan un gran número de especies, muchas consideradas endémicas. El Valle de Cuatro Ciénegas (VCC) presenta una serie de variaciones topográficas y de paisaje con altas concentraciones de yeso, cuyas diferencias florísticas y los factores ecológicos subyacentes se desconocen. En este estudio, describimos y comparamos la composición florística de doce parcelas distribuidas en cinco sitios ricos en yeso y en uno con concentración mínima de éste en el VCC y el valle adyacente La Virgen, en el municipio de Cuatro Ciénegas. Evaluamos la contribución de las especies a la diferenciación de cada ensamble con un análisis de componentes principales (PCA) y analizamos el efecto de la posición en el paisaje, el contenido de yeso, la pendiente y la orientación sobre dicha composición mediante modelos lineales generalizados (GLM). Se registró un total de 98 especies de 62 géneros y 31 familias. Los resultados del GLM y del PCA muestran que en el primer componente la posición en el paisaje y el contenido de yeso asociado separan significativamente a los ensambles establecidos en yeso de aquellos en sitios pobres en este compuesto. El segundo componente resaltó un efecto significativo de la pendiente sobre el resto de los factores. Nuestros resultados sugieren que el yeso juega un papel importante en la diferenciación de los ensambles florísticos, probablemente actuando como un primer gran filtro. Sin embargo, una vez sobrepasado este filtro, aún en concentraciones similares, su efecto se ve diluido por otros factores que podrían incluir las condiciones microclimáticas, las propiedades finas del suelo y/o las interacciones bióticas, por lo que estudios posteriores son necesarios para desentrañar sus efectos y reconocer los posibles procesos actuando sobre la diferenciación y distribución de los ensambles de las gipsófitas.