En el Pacífico Central Mexicano se localiza el Puerto de Manzanillo, Colima, a través del cual se mueve el 68% de la carga contenerizada de nuestro país, actividad económica significativa para el estado y a nivel nacional. En 1971 el puerto se desarrolló dentro de una laguna costera, el cual dejó en su parte interna lo que en la actualidad se conoce como la Laguna del Valle de las Garzas, en donde se desarrolló la zona urbana de la ciudad. Con el objetivo de evaluar el estado trófico de este sistema lagunar ante distintas presiones antrópicas, entre agosto de 2019 y julio de 2021, de manera mensual en nueve estaciones de monitoreo a bordo de una embarcación con motor fuera de borda se determinaron parámetros fisicoquímicos de manera in situ para determinar la calidad del agua y determinar su estado trófico, lo que se comparó con la variación del espejo de agua, la cobertura vegetal y urbana entre el año 2000 y 2020. La calidad del agua en el sistema lagunar muestra un estado de afectación ecológica al llegar en un nivel hipereutrófico debido a descargas de aguas residuales urbanas, industriales y clandestinas debido a falta de planificación y deficientes servicios urbanos, así como por el azolvamiento del cuerpo lagunar debido a la tala de vegetación de la cuenca alta del arroyo Punta de Agua. Lo anterior refleja malas políticas de desarrollo y falta de aplicación de la legislación ambiental. Por otra parte, el 23 de diciembre de 2011 se decretó, sin estudios previos pertinentes que, el sistema costero contiguo conocido como laguna de Cuyutlán fuera la extensión del del Puerto de Manzanillo para “elevar el potencial de crecimiento de la economía mexicana y su productividad, según lo estipulado en el Plan nacional de Desarrollo 2007-2012”. Este trabajo compara resultados entre ambos cuerpos lagunares que pueden ser la línea base a considerar para el nuevo proyecto portuario. Con esta información, se podría planear un proyecto sustentable que garantice la salud ambiental del sistema lagunar que alberga distintos ecosistemas y actividades productivas, especies protegidas y la mejor calidad de bosque de manglar que lo hacen el sistema de mayor biodiversidad del estado.