Históricamente los seres humanos hemos desarrollado procesos tradicionales de manejo de microorganismos como la fermentación, la deshidratación o el uso de sal para conservar o mejorar el valor nutricional de los alimentos. Los alimentos fermentados son clave en la cultura alimentaria alrededor del mundo, estos productos permiten vislumbrar la complejidad socioambiental de distintos territorios donde se elaboran. Lamentablemente estos son constantemente marginalizados y algunos han desaparecido dentro de la dieta. En México se estima que existen 200 productos fermentados, de los cuales solo 16 han sido ampliamente estudiados y se ha registrado la pérdida de 4 bebidas fermentadas. Es importante enfatizar que la pérdida de estos productos representa el detrimento del conocimiento ecológico tradicional para elaborarlas, una erosión de los sistemas alimentarios locales y la disminución de diversidad asociada, como plantas, animales y menos considerados, los microrganismos. En este sentido, el presente proyecto tiene como objetivos (1) presentar la diversidad de plantas, microorganismos, grupos culturales y la distribución espacial de las Bebidas Fermentadas Tradicionales Mexicanas (2) abordar el caso particular del manejo de microorganismos en una bebida fermentada poco estudiada, hecha a partir de frutos de cactáceas conocida como colonche; (3) Mostrar las implicaciones que tiene el manejo de las fermentaciones sobre la comunidad de microorganismos en esta bebida. Para abordar los objetivos, se realizó una revisión bibliográfica registrando las bebidas fermentadas, las plantas, microorganismo, grupos culturales asociados y se registró su distribución. Posteriormente, se realizó un trabajo etnobiológico en la región del Altiplano central y el Valle de Tehuacán en donde se caracterizó la producción del colonche. Se caracterizaron las especies vegetales empleadas, las prácticas de fermentación y los aspectos sensoriales buscados por los productores. Finalmente, a través del uso de secuenciación de nueva generación se cuantificaron diferencias en las comunidades de microrganismos bajo distintas prácticas de manejo. Hasta ahora documentamos 143 especies de plantas, 52 grupos culturales y 102 géneros de microorganismos involucrados en la producción de bebidas fermentadas. Para la elaboración del colonche identificamos la relevancia cultural en la región y distintas prácticas de manejo en la fermentación. Igualmente, observamos diferencias en la composición de microorganismos bajo distintas prácticas de manejo. Finalmente, resaltamos que los productos fermentados son importantes reservorios de diversidad biocultural, son clave en la seguridad alimentaria local y su estudio provee perspectivas sobre los procesos de selección y domesticación de microorganismos. En este sentido son clave en los sistemas alimentarios y deben ser conservados.