En México, los hongos comestibles del género Pleurotus son considerados una opción para incrementar la producción de alimento, debido a que contribuye al reciclaje de subproductos agrícolas y forestales, y brinda a los productores la posibilidad de producir un alimento funcional de manera sustentable. Por otro lado, las cepas silvestres de Pleurotus son un recurso genético importante, tanto para los ecosistemas como para alimento. Sin embargo, los caracteres morfológicos de Pleurotus pueden ser inconsistentes e inestables para la caracterización fenotípica y exhiben un alto polimorfismo intraespecífico, lo cual ha dificultado la correcta identificación y clasificación de especies. Por esta razón, el análisis de regiones de ADN es necesario para comprender las relaciones filogenéticas dentro de ciertos grupos de Pleurotus y la identificación y caracterización de la especie. Por lo cual el objetivo de esta investigación fue identificar la filogenia de cepas silvestres del género Pleurotus de regiones tropicales en México, mediante estudios moleculares. Para realizar esta investigación se usaron 26 cepas silvestres de Pleurotus y 37 ejemplares secos procedentes del cepario de la Facultad de Ciencias Biológicas y Agropecuarias y del cepario y herbario XAL del Instituto de Ecología. Para determinar la posición filogenética de las cepas estudiadas se realizó una extracción de ADN genómico con un kit de extracción rápida. La región espaciadora transcrita interna (ITS) se amplificó con los cebadores ITS4/ITS5. Los productos obtenidos de la PCR se purificaron y secuenciaron. Las secuencias obtenidas se compararon con las secuencias del Genbank para la identificación preliminar. Se realizó un análisis de máxima verosimilitud bajo un modelo GTRGAMMA con mil réplicas de bootstrap rápido y un análisis de inferencia bayesiana con MrBayes.  El género Pleurotus es monofilético y sus topologías concuerdan con estudios anteriores. El análisis filogenético permitió identificar cuatro grupos de especies: P. djamor, P. albidus, P. agaves y P. ostreatus. Se renombraron especímenes y cepas que habían sido clasificados bajo otros nombres científicos. La mayoría de las muestras correspondió a P. djamor, la cual mostró mayor variabilidad, lo cual podría ofrecer una alternativa para un programa de mejoramiento de cepas para fines comerciales.