El cambio climático y la pérdida de hábitat son amenazas para la conservación de la biodiversidad. En este trabajo propusimos un índice de riesgo para evaluar las amenazas a la conservación de la diversidad taxonómica y funcional de los mamíferos terrestres en México utilizando el marco conceptual del IPCC, donde el riesgo está en función de la vulnerabilidad (sensibilidad y capacidad de adaptación), la exposición y el peligro. Usamos un enfoque basado en las características biológicas de las especies y en un análisis correlativo para asignar a cada especie un puntaje de índice de riesgo. Identificamos áreas con condiciones climáticas adecuadas para especies, grupos taxonómicos y funcionales bajo escenarios futuros de cambio de uso de suelo y clima. Las proyecciones futuras del cambio climático y la pérdida de hábitat redujeron las áreas adecuadas de distribución potencial de especies en un 40 % (0,102–0,371) por clima y 20 % (0,276–0,285) adicional por cambio de uso de suelo. De manera similar, las proyecciones de cambio climático y pérdida de hábitat redujeron las áreas adecuadas en áreas de mayor riqueza (hotspots) en un 40 % (0,05–0,36) y 20 % (0,29–0,57) adicional. Además, las áreas donde un mayor número de especies aumentan (sureste de México) o disminuyen (estados ricos como Chiapas y Oaxaca) sus condiciones climáticas adecuadas nos dan una idea del recambio futuro de especies, una amenaza adicional para la conservación. Encontramos diferencias significativas entre los modelos de circulación CanESM5 (condiciones más cálidas y húmedas) y BCC-CSM2.MR (condiciones más frías y secas), lo que destaca la incertidumbre en los escenarios de cambio climático. En general, las especies de tamaño grande a mediano (> 15 kg) estaban en mayor riesgo que las especies de tamaño pequeño. Los artiodáctilos ocuparon el lugar más alto en riesgo, mientras que los nectarívoros, insectívoros y carnívoros fueron los grupos funcionales en mayor riesgo en los escenarios futuros de cambio climático. Identificamos 15 especies propensas a la extinción futura debido a la pérdida de condiciones climáticas adecuadas en toda su distribución. Nuestros resultados sugieren grandes pérdidas en la diversidad de grupos funcionales, taxonómicos y de biodiversidad de los mamíferos terrestres, con perjuicios potenciales para las interacciones depredador-presa, el funcionamiento del ecosistema y la provisión de servicios ambientales. Concluimos que para preservar bajo escenarios futuros, es necesario comenzar a pensar en estrategias para coexistir con la vida silvestre.