La simbiosis ectomicorrízica es la asociación micorrízica más prominente en los ecosistemas forestales. Su presencia influye en la diversidad, estabilidad, productividad y sostenibilidad de los bosques y puede ser aprovechada para la reforestación y/o restauración de estos ecosistemas. En hongos ectomicorrízicos se ha reportado variación intraespecífica en términos del desarrollo de la simbiosis con sus hospederos, misma que está relacionada con el contenido genómico de moléculas involucradas en la interacción. Las MiSSPs son péptidos efectores específicamente inducidos durante la simbiosis y participan en la formación de la interfaz simbiótica apoplástica entre el hongo y su planta hospedera. Para el género Laccaria, las MiSSPs corresponden a la mayor parte de los productos génicos codificados durante el establecimiento de la simbiosis con sus hospederos. En el presente estudio se predijeron y cuantificaron las potenciales MiSSPs para cuatro cepas de Laccaria trichodermophora, una especie de importancia ecológica y sociocultural en México. Se emplearon dos protocolos de predicción bioinformática basados en características estructurales (ej. presencia de péptido señal) y de localización sub-celular (ej. apoplástica o nuclear) de los péptidos de interés. Sin embargo, difieren en los métodos de clasificación utilizados. La eficiencia de dichos protocolos fue evaluada aplicándolos a otra especie de Laccaria (L. bicolor) para la que se tienen MiSSPs caracterizadas experimentalmente. Encontramos entre 412 y 731 potenciales MiSSPs para las cepas analizadas. El protocolo 1 (PP1) permitió predecir más péptidos de localización apoplástica (32-69), mientras que el protocolo 2 (PP2) permitió predecir más péptidos de localización nuclear (19-47). Ambos protocolos tuvieron una eficiencia similar en su capacidad predictiva de las MiSSPs reportadas para L. bicolor, 23% en el caso del PP1 y 27% para el PP2. No obstante, su eficiencia fue diferente dependiendo de los criterios de localización; el PP1 fue más eficiente para predecir péptidos apoplásticos, mientras que el PP2 lo fue para péptidos nucleares. La cantidad obtenida de potenciales MiSSPs en L. trichodermophora es menor a la reportada previamente para esta especie; sin embargo, consideramos que nuestras estimaciones son más fidedignas debido a que incluimos más criterios fundamentales para la predicción de péptidos efectores. Los protocolos utilizados permitieron predecir MiSSPs de diferentes características, por lo que es recomendable utilizar ambos para una mejor predicción de estos péptidos. La variabilidad intraespecífica encontrada puede estar relacionada con el desarrollo de la simbiosis de este hongo ectomicorrízico, particularmente en aspectos de la colonización y de la forma de interactuar con sus hospederos.