La abeja Apis mellifera es una especie altamente variable.  Dentro de su rango nativo (Europa, África, Asia) la adaptación a un amplio rango de ambientes ha llevado a la diversificación de más de 24 subespecies, las cuales se han agrupado en al menos cinco linajes evolutivos, delineados geográfica, morfológica y genéticamente.  Las poblaciones de A. mellifera en América estaban compuestas principalmente por linajes europeos, hasta 1956 cuando la subespecie A. mellifera scutellata del linaje africano fue introducida a Brasil. Desde su ingreso al continente el linaje Africano ha colonizado gran parte del territorio hibridizando con colonias manejadas y estableciendo poblaciones ferales a través de los trópicos. La gran capacidad de adaptación a condiciones climáticas y ecológicas altamente variables le ha permitido colonizar una gran diversidad de zonas de vida. En este trabajo caracterizamos genéticamente, vía materna y biparental, colonias manejadas y ferales de las cinco regiones apícolas de México usando la región intergénica COI-COII de la mitocondria y un panel de 94 SNPs ancestralmente informativos. 

Los resultados vía materna indican que 58.8% de las colonias corresponden al linaje A (África), 38.9% al linaje C (Europa oriental) y 2.3% al linaje M (Europa occidental). Identificamos 44 haplotipos de los cuales 16 pertenecen al linaje A,  nueve al linaje C y ocho al linaje M. En las colonias manejadas fueron encontrados haplotipos de los los tres linajes ( A, M y C) mientras que en las colonias ferales se encontraron principalmente haplotipos del linaje A y en menor proporción del linaje C.  Los resultados vía biparental demuestran una mezcla racial entre los linajes europeos y africanos. En general las colonias tienen una alta proporción de ancestría racial del linaje A, seguida por el linaje C y en menor proporción el linaje M. Hay diferencias en la proporción de los tres linajes entre las regiones apícolas de México, siendo la región de la Península de Yucatán la que presenta la mayor proporción del linaje A y la región Norte la que tiene mayor proporción del linaje C.