El ajolote, Ambystoma mexicanum, es un anfibio en peligro de extinción endémico del Lago de Xochimilco de la Ciudad de México. Los anfibios son de los grupos biológicos más amenazados por diversos factores, tales como las actividades antrópicas y las enfermedades emergentes. La susceptibilidad de estos organismos a enfermedades está asociada principalmente a su sistema inmune y a la microbiota simbionte de su piel. Se ha reportado que algunas bacterias de la microbiota cutánea inhiben el crecimiento de patógenos como Batrachochytrium dendrobatidis (Bd), hongo que ocasiona la quitridiomicosis, enfermedad letal que afecta anfibios en todo el mundo. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la diversidad y estructura de las comunidades microbianas de la piel de poblaciones en cautiverio de A. mexicanum. De manera no invasiva capturamos individuos de A. mexicanum de cuatro poblaciones (mesocosmos) ubicados en el Centro de Investigaciones Biológicas y Acuícolas de Cuemanco (CIBAC) de la UAM-Xochimilco. Realizamos hisopados de la piel de cada individuo y del agua del mesocosmos de donde provenían. De cada muestra se realizó la extracción de DNA, preparación de las bibliotecas de secuenciación y la secuenciación masiva de las regiones V4 del gen 16S e ITS. Los procesos de filtrado, agrupamiento e identificación taxonómica de las lecturas crudas, así como los análisis de diversidad alfa y beta se realizaron en QIIME2 y R. Los resultados muestran diferencias significativas en la diversidad alfa (Índice de Shannon y Diversidad Filogenética) y beta (Unifrac, Bray-Curtis) de las comunidades microbianas cuando se compara entre localidades y tipo de muestra. Los principales contrastes se identificaron entre la microbiota cutánea y la del ambiente, siendo significativamente más diversa esta última. Para los dos tipos de muestra las clases bacterianas predominantes fueron Gammaproteobacteria, Bacteroidia y Alphaproteobacteria, sin embargo, las frecuencias relativas de cada grupo taxonómico fueron mayores en las muestras de piel. Las aportaciones de este y otros trabajos pueden ayudar a entender mejor las comunidades ecológicas microbianas del sistema cutáneo de los anfibios, un siguiente paso es identificar factores ambientales u hospedero específicos que influyan en la diversidad y estructura de la microbiota, todo con el fin de generar más conocimiento para la toma de decisiones en el manejo y conservación de especies endémicas mexicanas en categoría de riesgo como el ajolote.