La endogamia en angiospermas ocurre en poblaciones en las que el apareamiento cruzado disminuye por la ausencia total o parcial de individuos conespecíficos y/o de polinizadores. El aumento en la endogamia dentro de una población puede afectar negativamente la adecuación, disminuyendo la producción de semillas, la germinación, la sobrevivencia, el desarrollo temprano, e incluso tener efectos sobre la disposición de las estructuras reproductivas y el tamaño floral de la progenie endogámica. El análisis de la endogamia se ha realizado principalmente en estadios de desarrollo temprano de las plantas, son pocos los que se han realizado de manera sistemática siguiendo el ciclo de vida desde la producción de semillas hasta la producción de flores. En este estudio analizamos el efecto de la endogamia en diferentes etapas de desarrollo de Ipomoea hederifolia. Comparando el peso de la semilla, la germinación, la sobrevivencia, el desarrollo de estructuras de la plántula, el área foliar, y los rasgos florales de plantas de líneas endógamas y de polinización cruzada, cultivadas en condiciones de invernadero durante dos generaciones. Nuestros resultados indican que las semillas de líneas endógamas tienen un menor peso y germinan en menor cantidad que las semillas de polinización cruzada, sin embargo, la probabilidad de germinación y sobrevivencia no difirieron entre la descendencia endógama y exocruzada. Al analizar el desarrollo temprano obtuvimos que en la primera generación las plantas endógamas desarrollaron estructuras de sostén y fotosintéticas con menor rapidez que plantas de polinización cruzada, sin embargo, en la segunda generación observamos un patrón opuesto. Los resultados obtenidos de la suma del área foliar de los cotiledones y de las primeras cinco hojas verdaderas fue mayor en plantas exocruzadas comparadas con plantas endógamas. Por último, no hubo diferencias significativas en los rasgos florales, tampoco en la hercogamia de plantas endógamas y de polinización cruzada. Nuestros resultados muestran una tendencia a la disminución de la probabilidad de germinación y sobrevivencia y a la reducción del tamaño de los rasgos florales en plantas endógamas. La endogamia puede mostrar efectos en los diferentes estadios de desarrollo de I. hederifolia. Estos efectos favorecen la producción de descendencia con menor adecuación y un menor desempeño en su desarrollo que pueden poner en riesgo la permanencia de poblaciones endógamas de I. hederifolia en condiciones naturales a largo plazo.