Los recursos bióticos de un ecosistema pueden ser usados como indicadores de la calidad de un ecosistema se basa en el uso sistemático de las respuestas biológicas de los organismos a la perturbación. En ecosistemas acuáticos, se han establecido aquellos grupos biológicos que pueden ser indicadores del grado de perturbación en un ecosistema. La sección llamada Loma de Santa María y depresiones aledañas, que se encuentran dentro de la microcuenca del río Chiquito, es denominada como zona de restauración y protección ambiental, dicha área de estudio se encuentra en una zona urbanizada lo que la predispone a la perturbación. Por lo tanto, es menester desarrollar monitoreos continuos de organismos bioindicadores tanto de fauna como de flora que se encuentran en el sitio lo que permitirá detectar los cambios ambientales y alteraciones del ecosistema a través de los cambios de los patrones naturales de la biota y las características fisicoquímicas del agua. Por lo tanto, el presente trabajo consistió en evaluar las comunidades biológicas que nos permiten inferir el estado de salud del ecosistema acuático. Para ello, se muestrearon 5 sitios en un gradiente río abajo (de la parte alta a la parte baja de la cuenca). En cada sitio, se tomaron los parámetros fisicoquímicos del agua y se realizaron transectos de 100 m a lo largo del río y se colectó, flora y fauna acuática. Se estimó la relación de la calidad ecológica (EQR), índice de integridad biótica (IBI), la abundancia relativa media de las especies naturales (MSA), el índice de la riqueza relativa de los taxones (RTR). Los datos fisicoquímicos mostraron dentro de los rasgos establecidos para sistemas acuáticos. En base a los estimadores calculados, se establece de con valores de moderado a alta calidad ecológica del sistema en un sentido río abajo, siendo los sitios en la parte alta los que presentan una mayor calidad ecológica. Los sitios presentan una mayor homogeneidad relacionada con la diversidad biológica y heterogeneidad en la abundancia de grupos biológicos específicos. El establecimiento de gremios de flora y fauna con diferente grados de sensibilidad han sido útiles para la evaluación de la condición ecosistémica del río chiquito. A pesar de ser un ecosistema influenciado por procesos antropogénicos. Con base en el estudio del establecimiento de las comunidades biológicas y organismos que presentan sensibles a los cambios ambientales demuestran que el sistema acuático está estable y mantiene los procesos que regulan la dinámica poblacional.