En plantas polinizadas por insectos, el flujo de genes dependerá del comportamiento del polinizador y de la distribución espacial de los individuos reproductivos. A su vez, la diversidad genética de la progenie será influenciada por el número de donadores de polen, así como por la relación genética entre ellos. Yucca valida es una planta que se distribuye en el desierto de la península de Baja California y que presenta un mutualismo obligado con su polilla polinizadora, Tegeticula baja. Evaluamos el flujo génico a través del polen y la distribución y nivel de variabilidad genética a lo largo de la distribución de la planta. Colectamos muestras de individuos en 10 localidades. Utilizando microsatélites, genotipificamos 405 plantas, incluyendo 100 adultos y la progenie de 15 plantas (300 plántulas). Estimamos la tasa de entrecruzamiento, la autocorrelación genética de individuos y parámetros de flujo génico. Evaluamos la diversidad genética y la diferenciación poblacional. Encontramos que Y. valida tiene un sistema de apareamiento de entrecruzamiento predominante. El flujo de genes ocurre a cortas distancias (42 m) entre individuos que están genéticamente relacionados. La progenie es resultado de al menos 2.8 donantes de polen. A pesar de los altos niveles de endogamia, las poblaciones de Y. valida presentan alta diversidad genética y baja diferenciación. Esto contradice lo esperado, considerando el patrón de flujo génico a través del polen y semillas. Probablemente la interacción entre caracteres de historia de vida de esta especie y fuerzas selectivas, puedan explicar esta discrepancia. La escala espacial en la que opera el flujo de genes es esencial para comprender la distribución de la variación genética de las especies.