Las selvas tropicales del mundo han sufrido un fuerte impacto debido a la deforestación por el cambio en el uso del suelo. Existe amplia literatura que reporta los efectos directos de esta perturbación antrópica sobre la biodiversidad. En comparación, son pocos los estudios que exploran los efectos en cascada que se derivan de esta pérdida de biodiversidad. En particular, los relacionados con la proliferación de organismos vectores y reservorios de enfermedades zoonóticas. En este estudio documentamos el efecto de la deforestación sobre la abundancia y riqueza de especies de roedores y su fauna ectoparásita asociada, en seis sitios con distinto grado de cobertura forestal (0.7,5,40,46,78 y 95%) en la región de la Selva Lacandona, Chiapas. Al cabo de 3 780 noches/trampa, capturamos 70 roedores de cinco especies: Sigmodon toltecus, Heteromys desmarestianus, Oryzomys couesi, Peromyscus mexicanus y Ototylomys phyllotis. Los roedores fueron sacrificados aplicándoles una sobredosis de pentobarbital sódico y posteriormente, en el laboratorio se revisaron para detectar ectoparásitos en su pelaje. Los ectoparásitos fueron montados en solución de Hoyer para su identificación. Encontramos una disminución en la riqueza y un incremento en la abundancia de roedores y ectoparásitos en sitios con mayor deforestación. El roedor mas abundante fue la especie oportunista S. toltecus (n =45). Registramos un total de 23 especies de ectoparásitos, tres de ellas (Amblyomma sp., Ornithonyssus bacoti y Androlaelaps farenholzi) identificadas como vectores potenciales de enfermedades zoonóticas. Poco se sabe acerca de la fauna ectoparásita y agentes etiológicos que se distribuyen en ecosistemas tropicales, y dada la tendencia a la deforestación que persiste en la región hay un riesgo latente de un incremento en la incidencia de enfermedades transmitidas por este tipo de vectores. Es necesario seguir realizando estudios y monitoreos periódicos dentro de este tipo de ecosistemas para la prevención de futuros brotes zoonóticos.