La matriz del paisaje juega un papel fundamental para la persistencia de mamíferos terrestres en selvas fragmentadas, ya sea incrementando la cantidad de hábitat o regulando el movimiento entre fragmentos. No obstante, la importancia de cada efecto y la escala espacial en la que operan son desconocidos. Analizamos la importancia relativa que los efectos de la matriz sobre la cantidad de hábitat y la conectividad tienen sobre la ocupación del fragmento para cuatro mamíferos en una selva fragmentada el sureste de México. Monitoreamos la incidencia de estos mamíferos con cámaras trampa dentro de 16 fragmentos de selva. Posteriormente, generamos una métrica de composición del paisaje para medir el efecto de la matriz sobre la cantidad de hábitat y variables de textura de imágenes satelitales para estimar la resistencia de la matriz al movimiento. Analizamos ambos efectos de matriz en los mamíferos a través de modelos de ocupación a cuatro escalas espaciales (200, 300, 400 y 500ha). Encontramos un efecto negativo de ambos efectos de matriz sobre la ocupación. Sin embargo, los efectos de la matriz sobre la cantidad hábitat fueron más importantes para mamíferos con rangos hogareños pequeños que los efectos de la matriz sobre la conectividad. Estos resultados sugieren que los efectos de la matriz sobre el hábitat operan a escalas menores que sus efectos sobre la conectividad. Consideramos de suma importancia analizar los efectos de la matriz de forma separada en estudios faunísticos. Además, destacamos la importancia de incorporar técnicas de percepción remota para estimar la resistencia de la matriz en los trópicos.