La regionalización biogeográfica clasifica las regiones en términos de sus biotas y ayuda en estudios macroecológicos o de conservación, a comprender los factores ecológicos e históricos que afectan la distribución de las especies. Una herramienta que ha permitido complementar los huecos de información sobre la distribución de las especies y la implementación de análisis biogeográficos es la modelación del nicho ecológico (MNE). En este estudio se utilizan los MNE para obtener la regionalización biogeográfica del bosque tropical estacionalmente seco (BTES) en la Depresión del Balsas (DB) a partir de análisis espaciales. Para ello se elaboraron modelos de nicho ecológico de especies distribuidas preferentemente (características) en el BTES, algunas de ellas endémicas de la DB, utilizando Maxent dentro del paquete ENMTML en R. Posteriormente se obtuvo una matriz de incidencia con información obtenida a partir de los MNE, la cual sirvió para llevar a cabo un análisis de recambio de especies en el programa Biodiverse. La matriz de recambio se utilizó para los análisis de agrupamiento (clúster) y de ordenación mediante el escalamiento multidimensional no métrico. Finalmente, se identificaron los predictores ambientales que se relacionan con el recambio de especies, utilizando el método de recambio ambiental relativo. Se obtuvieron 134 MNE de especies características o endémicas. El análisis de agrupamiento divide al BTES en la DB en cuatro subregiones florísticas, dos ubicadas en la parte occidental de la DB y dos en la región oriental. El análisis de escalamiento multidimensional no métrico diferencia en e primer componente dos subregiones en e occidente y una subregión en el oriente. Siete variables ambientales contribuyeron de manera significativa para explicar el recambio de especies en dichas subregiones, entre las que destacan el modelo digital de elevación, el pH y la precipitación del trimestre más frío. El uso de los MNE en la regionalización de áreas de alta riqueza de especies, permite determinar con más detalle las subregiones y los patrones de distribución de las especies que definen sus límites, proporcionando así una base teórica más sólida para la investigación de patrones biogeográficos.