Los murciélagos son uno de los grupos más diversos entre los mamíferos urbanos, desempeñando importantes servicios ecosistémicos. Sin embargo, factores antropogénicos como la contaminación lumínica y el ruido o la disminución de la cobertura vegetal, afectan sus poblaciones. El objetivo fue evaluar la magnitud de estos efectos sobre la comunidad de murciélagos. El muestreo se realizó en la ciudad de Mérida, Yucatán. Se establecieron cuatro transectos de 18 km del centro de la ciudad en 4 direcciones para cubrir zona urbana y rural. Se muestrearon 7 puntos separados por 3 km para capturar murciélagos en redes de niebla. Se registró el peso, las longitudes del antebrazo (LA), total (LT), sexo y estado reproductivo. Cuatro parámetros ambientales fueron analizados a partir de imágenes satelitales: índice de vegetación normalizada (NDVI), contaminación lumínica (LP), tamaño de población humana (PH) e índice de construcción (IC). Los valores más altos de NDVI se encuentran al borde de la ciudad (0.7 ± 0.01) y los valores mínimos en el centro (0.11 ± 0.15). De manera inversa los mayores valores de IC y LP se encontraron hacia el centro de la ciudad (0.94 ± 0.2 y 77.5 ± 1.64 respectivamente) y valores cercanos a 0 en los sitios más lejanos para el IC y LP. El tamaño mayor de población humana ocurre en la periferia de la ciudad (510.18 ± 2.65) mientras que en el centro de la ciudad fue menor (91.33 ± 33.88 y 0 respectivamente). Fueron capturados un total de nueve especies distintas de murciélagos pertenecientes a 4 familias, las más abundantes fueron A. jamaicensis, seguido de Glossophaga soricina y Sturnira parvidens. El mayor número de especies se encontró en sitios suburbanos. Mientras que los murciélagos fueron más grandes en la ciudad que en la zona rural (ej., LT), la condición corporal (ej., índice de masa corporal) fue mayor en la zona rural. Por su parte, en las poblaciones de A. jamaicensis la proporción de hembras fue mayor comparada con los machos (52.2 y 47.3% respectivamente). En su mayoría organismos en etapa adulta (65.43%), siendo la fase inactiva la de mayor prevalencia en hembras (47.8%), mientras que en los machos fue mayor la frecuencia de individuos reproductivos (68.7%). Nuestros resultados sugieren que no hay un efecto de la urbanización sobre la diversidad de murciélagos o sobre la estructura poblacional de A. jamaicensis, pero si afecta negativamente la condición corporal de los murciélagos.