Conservar de la diversidad de plántulas de árboles es fundamental para la regeneración arbórea en selvas fragmentadas. No obstante, los efectos de la estructura del paisaje sobre la diversidad α y β de plántulas a múltiples escalas ha sido poco explorado. Analizamos la importancia relativa de la composición y configuración del paisaje sobre la diversidad α y β de plántulas dentro de 16 fragmentos en la selva Lacandona. Calculamos la diversidad α y β empleando tres índices de diversidad verdadera y analizamos su respuesta al paisaje a través de dos métricas de composición y cuatro métricas de configuración. Analizamos estos efectos a 13 escalas espaciales (paisajes de 300 a 1500 m de radio, en intervalos de 100 m). Encontramos que la diversidad α estuvo fuertemente influenciada por la composición del paisaje, mientras que la diversidad β fue afectada mayormente por la configuración del paisaje. Por un lado, la diversidad α se vio reducida por la proporción de bosques secundarios circundantes y en paisajes con una baja agregación de fragmentos. Por otro lado, la diversidad β incrementó en paisajes fragmentados y con un bajo contraste entre los fragmentos con la matriz circundante. Nuestros resultados muestran que la diversidad de plántulas está fuertemente influenciada por configuración del paisaje en selvas altamente fragmentadas. La conservación de fragmentos de selva y bosques secundario a través de esquemas de pago por servicios ambientales, el incremento de la calidad de la matriz dentro de esquemas agrícolas de pequeños productores y a través del manejo de bosques secundarios son necesarios para la conservación de la diversidad de plántulas en selvas fragmentadas.