La Meseta Purépecha Michoacán, México, es una eco-región que sufre graves amenazas en términos de fragmentación y degradación del hábitat debido principalmente a presiones por cambio de uso de suelo con fines agrícolas. Esto ha provocado la disminución y extinción local de comunidades forestales representadas mayormente por especies de Pinus. En este estudio se analizaron los patrones espaciales y paisajísticos del hábitat asociados a los niveles de variación y diferenciación genética de las poblaciones de Pinus pseudostrobus y Pinus montezumae, dos especies de amplia distribución y de mayor importancia ecológica y económica en la eco-región. Para esto se usaron imágenes multiespectrales (Landsat) con un enfoque multitemporal (1986-2011-2016), mediante las cuales se obtuvieron índices de fragmentación y conectividad paisajística, mientras que para los análisis genéticos se usaron marcadores moleculares microsatélites de núcleo (SSRn), a partir de los cuales se estudio la variación y estructuración genética. Por último, los datos espaciales y genéticos se correlacionaron mediante un análisis de aislamiento por ambiente (IBE). Los resultados evidencian que las coberturas agrícolas han incrementado (10.81%), mientras que la cobertura forestal han disminuido (15.06%). La conectividad del paisaje es baja (16.3%) y se encontraron dos zonas muy importantes para mantener la conectividad del hábitat (Uruapan-Tancítaro) y una zona de gran importancia (Pátzcuaro). Las poblaciones de los dos linajes contienen niveles de variación genética intermedios (He = 0.413), con niveles de endogamia significativos (375.25 a 452.5). Las poblaciones presentan una estructuración genética marcada (RST = 0.129, P < 0.05) dividida en cinco grupos genéticos. Se identificó un patrón de IBE, que es la causal más importante de la estructura genética observada, donde las variables de mayor contribución fueron elevación, clima (temperatura) y un índice de conectividad. Estos resultados exponen las limitaciones al flujo genético entre las poblaciones estudiadas, lo que promueve la divergencia de las especies, desembocando en la disminución de la capacidad resiliente de las poblaciones (números poblacionales bajos, niveles de endogamia significativos) para adecuarse a cambios fortuitos, con lo que se ve afectada toda la comunidad. Es prioritaria la conservación de las zonas de Uruapan-Tancítaro y Pátzcuaro para que funcionen como corredores biológicos que permitan mantener la conectividad genética y ecológica para las comunidades de la eco-región.