Los ríos son sistemas naturales de enorme importancia hidrológica y ecológica y su dinámica y funciones se han modificado con las intervenciones humanas, reduciendo su capacidad para proveer servicios ambientales a los habitantes de las comunidades. En los ríos urbanos se presentan las mayores violaciones de la normatividad ambiental del país. Nuestro estudio se desarrolla en las microcuencas de los arroyos El Cangrejo y El Coajinque que fluyen por la ciudad de Autlán de Navarro, en el estado de Jalisco, caracterizados por su biodiversidad y potencial para la provisión de agua para las zonas urbanas y rurales. Se busca analizar los impactos hidrológicos, ecológicos y sociales de las principales actividades antrópicas sobre los ríos. Nuestra metodología se basa en la aplicación de protocolos de evaluación hidromorfológicos y biológicos reconocidos, el uso de herramientas cartográficas digitales y la aplicación de entrevistas semiestructuradas para analizar las percepciones de actores sociales relacionados con el uso y manejo del arroyo y de su agua. Los resultados evidencian que la urbanización es la presión de mayor impacto, debido al desvío y entubamiento de sus cauces, violado completamente su zona federal y convirtiéndola en zonas de alto riesgo de inundación durante eventos extraordinarios como huracanes. La invasión de zona federal también ocurre cuando el municipio extrae gravas y arenas de los cauces con el pretexto de desazolvarlos sin contar con una autorización o concesión y sin ningún proyecto hidrológico que evite la alteración de los patrones naturales de flujo de agua. Ambos arroyos, al atravesar la zona urbana, son convertidos en canales que desaguan los escurrimientos pluviales, pero el mayor impacto son las descargas de aguas residuales que son vertidas directamente representando un alto riesgo de salud pública para las poblaciones aledañas a las zonas ribereñas por la gran cantidad de bacterias y parásitos patógenos, así como para la vida acuática al descargar gran cantidad de materia orgánica y substancias tóxicas que agotan el oxígeno del río. Adicionalmente, la desviación del flujo del agua de los arroyos para uso doméstico y agrícola, así como la extracción irracional de arroyos y manantiales, alterando el caudal ambiental necesario para el desarrollo de los procesos ecológicos en los ríos. Resulta necesario implementar acciones de manejo y restauración de las funciones hidrológicas y ecológicas, reducir las presiones e impactos y cambiar la percepción social de la degradación de los arroyos urbanos de la región.