Aunque los antecedentes del biomonitoreo de ecosistemas acuáticos los podemos ubicar en Kolenati (1848) y Forbes (1870). Es a partir de la publicación Kolkwitz y Marsson en 1909 sobre Ecología de los organismos sapróbicos, que se han desarrollado varios esfuerzos por conocer de una manera científicamente válida la condición Ambiental de estos ecosistemas con base en la biota que los habita; Karr (1981), propuso el uso de los Índices de Integridad Biótica para entender la calidad de los sistemas acuáticos. Con las bases por él propuestas, se crearon dos índices para conocer la integridad biótica de manantiales cársticos y para ríos vadeables y arroyos de México, concebidas como estrategias con buen balance costo beneficio, científicamente válidas y orientadas a obtener resultados rápidos para la toma de decisiones.

El índice de Integridad Biótica basado en las Asociaciones de Coleópteros Acuáticos (IIBACA) para manantiales cársticos de la Huasteca Mexicana, es el primer instrumento de valoración de la integridad biótica para manantiales y está hecho, sobre la consideración de que los coleópteros acuáticos son el grupo de insectos acuáticos más diversificado que muestran una amplia gama de tolerancia al impacto, además de encontrar en este taxón casi todos los hábitos para ocupar el espacio y gremios tróficos en el ambiente acuático. Los análisis de ordenación y correspondencia canónica permitieron construir un algoritmo con las variables de respuesta al ambiente. De manera paralela se construyó un índice para valorar la calidad ambiental de estos ecosistemas. Los análisis de regresión y correlación entre ambos índices (r2 0.7372 Prob > F < 0.00001), permiten reconocer que el IIBACA, es un buen estimador de la calidad ambiental de estos ecosistemas acuáticos.

Por su parte el Índice de Integridad Biótica basado en las Asociaciones de Macroinvertebrados Acuáticos (IIBAMA), tiene como variables de respuesta ambiental a la riqueza y la tolerancia de los macroinvertebrados acuáticos. Está calibrado con base en la Valoración de la Calidad Ambiental Visual de Barbour et al., (1999). Los análisis de regresión (r2 0.8289 Prob >F< 0.0001), permiten reconocer que este instrumento estima la condición ambiental de estos ecosistemas acuáticos. Actualmente se está calibrando también con base en la calidad del agua, puesto que también se ha encontrado que covaría con el Índice de Calidad del Agua (ICA).

Estos dos Índices de Integridad Biótica han sido propuestos para integrar un modelo de Biomonitoreo para manantiales cársticos y arroyos ríos vadeables de México.