La "Franja Aguacatera" de Michoacán tiene una extensión de aproximadamente 1356 km2 y se espera que se incremente en 1000 km2 adicionales para 2050. Esta vertiginosa expansión de los cultivos de aguacate ha ocurrido en gran medida a expensas de la transformación de la vegetación original, principalmente el bosque de pino-encino. Las consecuencias de este cambio de cobertura y uso de suelo sobre la biodiversidad han sido poco evaluadas, pero se estima que deben ser considerables. En este trabajo nos centramos en entender las consecuencias de la pérdida y fragmentación del hábitat sobre la diversidad y conectividad genética de las poblaciones de las dos especies de encino más abundantes en el área, Quercus castanea y Q. obtusata. Con este objetivo, se tomaron muestras de individuos de ambas especies en 8 sitios a lo largo de la franja aguacatera, situados en huertos o en fragmentos remanentes de bosque contiguos a los huertos. Como marcadores genéticos se utilizaron microsatélites del ADN nuclear y secuencias del cloroplasto. Los resultados indicaron que ambas especies mantienen elevados niveles de diversidad genética, con una correlación positiva con el área de los fragmentos de bosque. Los patrones de conectividad permitieron identificar los parches de bosque que son más importantes para mantener el flujo génico a través del polen y las semillas en ambas especies, información que podría utilizarse para llevar a cabo acciones de conservación y manejo del paisaje. Estos resultados son la base para futuros estudios más detallados de las consecuencias del cultivo de aguacate sobre la diversidad a distintos niveles de organización biológica.