Los bosques de manglar son grandes almacenes de carbono, pero parte de este carbono es emitido a la atmósfera en forma de CO2, como producto de la respiración de las plantas y microorganismos del suelo. No obstante, el origen, las magnitudes, así como la variación espaciotemporal de los flujos de CO2 en manglares aún permanece poco entendido. Algunos estudios han subestimado los flujos de CO2 al no considerar raíces aéreas como los neumatóforos, los cuales funcionan como esnórqueles para las plantas en medios inundados. En este trabajo se cuantificaron los flujos de CO2 del sedimento y del agua incluyendo neumatóforos del mangle Avicennia germinans en un gradiente de salinidad, considerando ecotipos de manglar chaparro, cuenca y franja, durante las temporadas de sequía y lluvias en Yucatán. Se caracterizaron los neumatóforos y se cuantificaron los flujos de CO2 usando cámaras de sistema cerrado dinámico conectadas a un analizador de gases en el infrarrojo. Las magnitudes de los flujos de CO2 fueron dependientes del número de neumatóforos, el ecotipo y la interfaz (sedimento vs agua). Mayores flujos de CO2 se encontraron en la interfaz sedimento en la temporada de sequía, con medias de 6.29, 5.73 y 1.87 micro mol CO2 m-2 s-1 para los ecotipos de franja, cuenca y chaparro. Mientras que los menores valores se registraron en la interfaz agua en la temporada de lluvias, con medias de 1.92, 1.63 y 0.53 micro mol CO2 m-2 s-1 para los ecotipos de cuenca, franja y chaparro. El número de neumatóforos explicó el 89%, 79% y 75% de la variación en los flujos de CO2 en manglares de franja, cuenca y chaparro, en la interfaz agua; y en la interfaz sedimento explicaron el 54% y 32% de la variación en los ecotipos franja y chaparro. Por otro lado, gran porcentaje de la variación en los flujos de CO2 fueron explicados por la salinidad intersticial, la salinidad superficial y la temperatura del sedimento-agua. Estos resultados resaltan la contribución de los neumatóforos a la respiración del ecosistema. Además, dado que estas raíces afectan el flujo de CO2 estacional, la inclusión de diferentes interfaces y ecotipos de manglar, permitirá comprender la dinámica espaciotemporal del CO2. Sin embargo, otras variables que influencian la densidad de neumatóforos, como la microtopografía, el hidroperíodo y la disponibilidad de nutrientes, deben también ser considerados.