Las abejas son los polinizadores de mayor importancia económica  y  ecológica, ya que presentan el grupo más abundante y con mayor diversidad de especies tanto en los ecosistemas naturales como agrícolas. Además, algunas de las especies de este grupo de polinizadores tienen un valor agregado sin igual debido a los productos que elaboran, como la miel, a partir de los recursos florales disponibles. En la actualidad, el uso de diferentes técnicas moleculares nos brindan la oportunidad no solo de conocer el uso de recursos florales por las abejas, u otros  polinizadores, sino incluso los orígenes botánicos de los productos apícolas. Sin embargo, un primer paso para conocer el origen botánico de la miel es el proceso de extracción de ADN ambiental (que incluye ADN obtenido de los granos de polen contenidos en la miel). Los objetivos son obtener ADN de óptima calidad que nos permita realizar la identificación botánica de la miel mediante metabarcoding por lo que presentamos los resultados obtenidos para tres métodos de extracción, dos protocolos comerciales (DNeasy Plant Mini Kit y Wizard Genomic DNA Purification Kit) y uno basado en un buffer de CTAB que se caracteriza por el empleo de temperaturas bajas durante los pasos de incubación. Este último protocolo, con algunas modificaciones, nos permitió obtener muestras de ADN con mayor concentración, mejor pureza y visiblemente de mayor peso molecular, en comparación con aquellas obtenidas por cualquiera de los protocolos comerciales. Dichas diferencias tienen un impacto en el éxito de los pasos subsiguiente para la determinación del origen botánico de la miel,  ya que solo las  muestras obtenidas por el protocolo de CTAB fueron las únicas en producir amplicones (de tamaños esperados) para dos marcadores de metabarcoding para plantas: trnL e ITS2.