Los hongos endófitos septados oscuros (ESO) forman parte relevante de la comunidad fúngica de la rizosfera. Estos microorganismos contribuyen con la protección de su planta hospedera ante la contaminación edáfica por elementos potencialmente tóxicos como el plomo (Pb) y el cadmio (Cd), dispersados como consecuencia de la actividad antrópica. La síntesis fúngica de metabolitos secundarios puede estar relacionada con la respuesta contra el estrés metálico; asimismo, desde una perspectiva biotecnológica, los hongos ESO producen compuestos bioactivos útiles para el desarrollo de fármacos y agroquímicos. El objetivo fue identificar las modificaciones en el perfil de metabolitos secundarios del hongo ESO Alternaria alternata en respuesta al estrés por Pb y Cd. A. alternata se cultivó en papa-dextrosa-agar (PDA) en ausencia y en presencia de Pb (400 mg/l) y Cd (20 mg/l), a 25°C, a pH 6, a 6 y 12 días de incubación. La extracción de metabolitos se realizó con acetato de etilo y se analizó por cromatografía en capa fina con lámpara de luz ultravioleta; la identificación de metabolitos se hizo por cromatografía de gases acoplada a espectrometría de masas. A. alternata modificó su perfil metabólico en presencia de Pb y Cd, en ambos tiempos de incubación. En PDA sin metales se observó la mayor diversidad (22 compuestos) y abundancia de metabolitos a los 12 días de incubación, seguido por el tratamiento en presencia de Cd a los 12 días, con 18 compuestos. Tres de los metabolitos fueron identificados y variaron su abundancia según el tratamiento: a) el (2E)2-tetradeceno, con tiempo de retención (tR) de 18.843, se registró en todos los tratamientos con excepción del Cd a los 12 días; b) el compuesto con tR de 31.436, ácido n-hexadecanoico, estuvo presente en todos los tratamientos; c) el metabolito con tR de 34.668, ácido-9-12-octadecadienoico, se registró en los tratamientos a los 12 días de incubación. El (2E)2-tetradeceno y el ácido n-hexadecanoico se han reportado como antimicrobianos. Por lo menos cinco metabolitos, aun por identificarse, fueron detectados a los 12 días de incubación en presencia de Pb y/o Cd y pudiesen estar relacionados con la respuesta fúngica ante el estrés metálico.