Los ecosistemas de coral son uno de los sistemas marinos más afectados por disturbios humanos generados por desarrollo urbano costero, eutrofización por enriquecimiento de nutrimentos, sobrepesca y contaminación. Asimismo, existen otros disturbios naturales, como huracanes, que los afectan por oleaje de tormenta, sedimentación y rompimiento de colonias de coral. Estos impactos favorecen cambios de fase y degradación en estos ecosistemas, comprometiendo los servicios ambientales que proveen. Por ello es fundamental analizar la dinámica y funcionamiento de ecosistemas de coral para entender cambios en su red alimenticia, estabilidad y desarrollo sistémico. Este trabajo realizó una modelación de sistemas ecológicos complejos con diferentes cuerpos teóricos, para evaluar distintos ecosistemas de coral del Pacífico mexicano y Mar Caribe con diferente estatus de conservación y condición. Los modelos se construyeron con bases de datos obtenidas con trabajo en campo e información publicada. Se utilizaron modelos topológicos de redes alimenticias para analizar el efecto del huracán Dean en el arrecife Banco Chinchorro. Por otro lado, se construyeron modelos semicuantitativos Loop Analysis, de balance de masas (Ecopath con Ecosim) y Network Analysis (Ascendency) en cinco ecosistemas de coral del Pacífico mexicano y cinco del Mar Caribe occidental. En general, los resultados mostraron que el ecosistema de Banco Chinchorro afectó la estructura de la red alimenticia, cambiando, el número y composición de nodos, pero sin afectar su funcionamiento porque varias especies clave (Lutjanus apodus, Sphyraena barracuda, Epinephelus striatus, Cephalopholis cruentata) se mantuvieron constantes a través de los años analizados después del paso de este meteoro. Por otro lado, los resultados de los modelos semicuantitativos y energéticos evidenciaron que los ecosistemas de coral del Pacífico mexicano y Mar Caribe tienen un desarrollo y propiedades emergentes distintas. Los sistemas del Pacífico fueron menos desarrollados en términos de organización de flujo, pero presentaron mayor ciclamiento de energía, conectancia y resistencia ecosistémica. En cambio, los sistemas del Caribe tuvieron mayor crecimiento, organización de flujo y tamaño energético, así como una madurez y estabilidad holística más altas. En conclusión, los modelos construidos demostraron que los ecosistemas de coral, independiente de su localización y desarrollo arrecifal, son sistemas con un importante crecimiento y desarrollo ecosistémico que les permite ser resilientes ante distintos tipos de disturbio. Sin embargo, es importante aplicar estrategias de manejo que garanticen la resiliencia natural que tienen estos ecosistemas.