Académicamente se tiene un consenso sobre la estructura del agroecosistema milpa, mismo que se caracteriza como la asociación de maíz, frijol y calabaza; sin embargo, al ser un sistema ampliamente reproducido en contextos ambientales y socio-económicos diversos, en la práctica presenta modificaciones y reestructuras acordes a su funcionalidad y lógica de aprovechamiento. La presente investigación tiene como objetivo comparar la estructura, función y lógica de aprovechamiento de la milpa en los municipios de Coacoatzintla Coatepec y Emiliano Zapata de la Región Capital del Estado de Veracruz. Los resultados surgen de un proceso de investigación que involucra colectas de maíz y biodiversidad asociada, entrevistas semiestructuradas a los productores y observación participante. Como resultado se presentan los agroecosistemas encontrados en las zonas de estudio antes descritas y se comparan entre sí y ante el modelo consensuado de la milpa. Esto implica una actualización y en su caso, reconfiguración del modelo académico en concordancia con las adaptaciones y transformaciones estructurales y funcionales de la milpa aplicables para la Región Capital del estado de Veracruz, México.