La gestión de la biodiversidad en países megadiversos como Colombia implica no solo su protección, sino eventualmente el manejo sustentable de la misma de manera que se pueda acceder a los recursos genéticos y obtener desarrollos con beneficios para la sociedad y los investigadores. Para ello existe en éste país una estrategia que le apuesta a una bioeconomía basada en innovación de productos, procesos, servicios y tecnologías, nuevas tecnologías habilitantes, la investigación científica interdisciplinaria, uso respetuoso, eficiente y sostenible de la biodiversidad, la consolidación de la alianza Universidad-Empresa para el mejor desarrollo de la capacidades nacionales y regionales, y el impacto social, económico y ambiental. Ello implica que se lleven a cabo procesos de gestión relacionados con el acceso a estos recursos, así como la toma de decisiones en materia de propiedad intelectual. Esta ponencia plantea un estudio de las estrategias a tener en cuenta para el desarrollo de proyectos sustentables basados en la biodiversidad de cara a la propiedad intelectual en el marco del derecho colombiano. Consiste en un trabajo analítico desde una aproximación transdisciplinar en el marco de un proyecto de investigación destinado a establecer los mecanismos de gestión de la propiedad intelectual en el marco de un desarrollo basado en el aprovechamiento de macro-hongos para la posible formulación de una empresa de base tecnológica. El estudio se fundamenta en los elementos de la I+D+I de las normas técnicas colombianas en la materia y los lineamientos internacionales en la materia, así como los aspectos que la comprenden. Dichos aspectos son el conocimiento, la novedad, la implementación, y el valor de la creación. Específicamente, en Colombia, el resultado apunta a señalar la necesidad de establecer la interacción de la innovación, la investigación y la propiedad intelectual para promover el desarrollo de productos comerciales basados en el uso de los recursos biológicos, genéticos y los productos derivados de la biodiversidad. Así mismo establecer canales claros de toma de decisiones en esta materia, de manera que la actividad investigativa encuentre un camino hacia la innovación. Este camino ha demostrado de la mayor importancia, pues implica diferentes tipos de interacciones entre personas, instituciones, empresas y centros educativos, que han sido identificadas como uno de los aspectos más críticos en la gestión de los derechos de propiedad intelectual. Las implicaciones de este trabajo derivan en fomentar posibles EBTs dotadas de las herramientas necesarias que fortalezcan su toma de decisiones hacia un camino sustentable.