En prácticamente todas las costas del planeta se han presentado florecimientos algales nocivos (FAN) conocidos como "mareas rojas". Generalmente, la atención se ha centrado en los FAN causados por organismos planctónicos: aquellos que se encuentran en suspensión en la columna de agua, que a menudo provocan un cambio visible del color del mar, y que pueden ser tóxicos y causar la muerte de una enorme variedad de organismos marinos y de seres humanos. Se ha reportado que estos fenómenos naturales son cada vez más comunes y más extensos espacial y temporalmente, y se ha sugerido que esta situación podría estar relacionada con el cambio climático global y la contaminación antropogénica. Pero algunos FAN no son visibles y han sido estudiados escasamente: los ocasionados por dinoflagelados bentónicos. Los dinoflagelados bentónicos son habitantes frecuentes en aguas poco profundas y se encuentran adheridos a través de matrices mucosas a macroalgas, pastos marinos, cuerdas, boyas y basura. Estos protistas son importantes productores de toxinas ciguatéricas, diarreicas y otras extremadamente potentes. El ecosistema bentónico costero ha sido afectado constantemente por actividades humanas como el turismo, la urbanización, el uso de fertilizantes, la falta de tratamiento de aguas urbanas, el dragado y la construcción de puertos en zonas arrecifales. Estas actividades a menudo desplazan a la mayoría de los habitantes microscópicos del bentos y permiten que prevalezcan aquellos más resilientes y mejor adaptados a los cambios de regímenes de nutrientes y temperaturas, como los dinoflagelados bentónicos toxigénicos. Esta investigación se ha enfocado en la filogeografía y el análisis de toxinas de los dinoflagelados bentónicos de costas mexicanas con diversos niveles de impacto humano. Para ello, y el colaboración con investigadores y estudiantes de instituciones como el Alfred Wegener Institut (Alemania), la UV, el CICIMAR, la UNAM y diversos departamentos académicos del CICESE, se han establecido cultivos monoclonales, identificado morfológicamente a través de microscopía fotónica y electrónica y molecularmente a través de la secuenciación de diversos genes del ADNr y se ha analizado su producción de toxinas por HPLC-MS/MS. Además, a través de metagenómica bacteriana se analizan las bacterias asociadas a la ficósfera, tanto en cultivos como en el ambiente natural, con el fin de conocer las variaciones y las relaciones entre el microbioma bacteriano y la producción de toxinas, ya que este es fuertemente afectado por las actividades humanas.