El deterioro de los recursos hídricos es un problema a nivel mundial. Las actividades antropogénicas son la principal causa ya que generan contaminación por vertidos de aguas residuales y por escorrentías dentro de las cuencas debido al cambio de cobertura vegetal natural para otorgar otros usos al suelo. A escala mundial, el cambio de uso del suelo se considera el principal factor de deterioro de los cuerpos de agua superficiales. Dentro de este contexto, la cuenca del lago de Zirahuén ubicada en el estado de Michoacán en México, ha experimentado en los últimos años una acelerada expansión de huertos de aguacate y la disminución de la calidad de agua de los afluentes de la cuenca y del lago. Esto preocupa a la población y las autoridades debido a los posibles efectos a la salud ya que el lago es utilizado con fines recreativos, actividad pesquera ya bastecimiento de agua para la población de la cuenca. Por lo tanto realizamos un análisis de la problemática ambiental del deterioro de la calidad de agua en un periodo de tiempo 1995-2015. Se realizó un análisis de la cobertura del uso de suelo con detección cartográfica y digital del cambio. Construimos una línea de tiempo de la calidad del agua y de la prevalencia de enfermedades en la población humana cercana a la cuenca Esperábamos encontrar un proceso de deterioro de la calidad del agua, así como incremento en la prevalencia de enfermedades en la población humana. Los resultados muestran evidencia sobre el proceso de disminución de la calidad de agua, cambio de uso de suelo y de la recurrencia de padecimientos de origen hídrico en la población. Identificamos una disminución en el área de cultivo de grano y pastoreo que fueron reemplazados por huerta de aguacate y bosque. El análisis de agua indicó un incremento en clorofila a y coliformes, ambas de riesgo a la salud humana. Los niveles de nitrógeno y fósforo fueron mayor con el paso del tiempo, debido a la contaminación de tipo agrícola. El proceso de deforestación no fue un factor de cambio relevante. Sin embargo encontramos un aumento en padecimientos como otitis, afectaciones cutáneas, trastornos intestinales, en la población humana asociada al uso del agua. SE discuten las posibles causas y efectos socioambientales, así como la problemática en relación con el contexto externo del sistema de cuenca.