El cambio climático está aumentando la frecuencia e intensidad de eventos catastróficos como los huracanes. Las comunidades microbianas del suelo regulan los ciclos geoquímicos y otros procesos importantes de los ecosistemas. Sin embargo, se desconoce cómo los huracanes afectan las comunidades microbianas del suelo y su función. Nuestro objetivo fue describir el impacto de un huracán categoría 4 (Patricia) sobre la estructura y diversidad de la comunidad fúngica del suelo en un bosque seco del trópico mexicano. La comunidad fúngica del suelo se infirió secuenciando el ITS2 del ADNr de muestras compuestas de suelo tomadas en una series de tiempo que fue desde un año antes y dos años después del huracán. La riqueza de OTUs antes del huracán y en el primer muestreo posterior fue comparable, sin embargo, se observó una disminución del 20-40% en la riqueza en los muestreos posteriores. También hubo cambios taxonómicos asociados con la perturbación, pasando de una mayor riqueza y abundancia de hongos en Ascomycota a una mayor dominancia de hongos Basidiomycota y Glomeromycota después del huracán. La diversidad de hongos micorrízicos arbusculares y patógenos de plantas aumentó inmediatamente después del huracán pero disminuyó en los años siguientes. Aproximadamente el 7% de la comunidad del suelo, compuesta principalmente de hongos saprotróficos, persistieron a través del huracán y la dura estacionalidad de este ecosistema. La comunidad de hongos del suelo se vio afectada por el huracán, pero tuvo estabilidad funcional y resiliencia a lo largo de los años.