El proceso de domesticación se basa en procesos de selección artificial impuestos por los humanos, lo cual trae como consecuencia cambios en las frecuencias de caracteres, tanto fenotípicos como genotípicos de las especies manejadas, generando divergencias con respecto a sus ancestros silvestres. Derivado de esta divergencia, se espera que nuevos nichos ecológicos se abran y que exista un recambio de especies de artrópodos entre plantas silvestres, criollas y cultivadas lo cual pueda ser un motor para promover la diversidad de especies asociadas a plantas domesticadas. El objetivo de este estudio fue evaluar el efecto ecológico de la domesticación de la guayaba (Psidium guajava) sobre la diversidad y abundancia de artrópodos asociados en una planta perenne bajo un intenso proceso de domesticación siendo este, un modelo para entender cómo la variación fenotípica originada por la domesticación afecta la presencia/ausencia y distribución de las comunidades de artrópodos. La colecta de datos se realizó en el banco de germoplasma vivo del campo experimental INIFAP "Los Cañones" (Zacatecas) durante dos temporadas contrastantes (lluvias y secas) realizando colectas manuales y por trampas de manteo seleccionando individuos silvestres, criollas y cultivadas. Se utilizaron estimadores de diversidad como el índice de Shannon-Weaver (H´), así como la diversidad verdadera de Shannon (eH´) y Simpson (D´) por variedad. Para cuantificar la disimilitud entre variedades de los datos obtenidos entre variedades se se estimaron los índices de Jaccard y Sorensen. Los resultados obtenidos fueron la presencia de grupos exclusivos en variedades silvestres como el caso de Neuroptera, se observó una gran diversidad de arañas pertenecientes a las familias Oxyopidae y Thomisidae que pueden ser usadas como indicadores biológicos, y una diferencia significativa de abundancia de artrópodos asociados entre las dos temporadas, siendo la temporada de lluvias la que mayor abundancia presentó. Los resultados sugieren que la presencia de familias exclusivas en variedades silvestres es derivada de esta generación nichos nuevos debido a la domesticación; además de que se cuenta con controles biológicos que pueden ayudar a combatir los problemas que los productores enfrentan con las plagas de guayaba, disminuyendo el uso de plaguicidas.