Las lagartijas se caracterizan por su gran riqueza, así como por la gran cantidad de nichos que ocupan dentro de los ecosistemas. Para este grupo, la vegetación y estacionalidad determina la disponibilidad de microhábitats y las condiciones climáticas; por lo tanto, los cambios en estas condiciones resultan en alteraciones en su composición y diversidad. El presente trabajo evalúa la diversidad alfa y beta de taxones superiores del ensamblaje de lagartijas en diferentes tipos de vegetación (bosque tropical subcaducifolio, bosque tropical caducifolio, bosque de encino y bosque de pino-encino) y temporadas (secas y lluvias). En cada tipo de vegetación se establecieron cinco transectos de 6 de ancho x 400 de largo, cubriendo un área de 12,000 m2. En todos los transectos se realizaron búsquedas visuales directas para registrar la riqueza de lagartijas, los muestreos fueron mensuales cubriendo la temporada de lluvias y secas. Para analizar la diversidad alfa se utilizó el índice de distintividad taxonómica promedio; mientras que para la diversidad beta se utilizó un análisis de disimilitud taxonómica basado en la medida Theta+, que mide grado de disimilitud en la clasificación taxonómica de dos comunidades incluyendo a los taxones supraespecíficos. Los análisis de diversidad alfa y beta se analizaron a nivel de tipo de vegetación y temporada. Como resultados, se identificaron un total de 14 especies, pertenecientes a 10 géneros y siete familias. La distintividad taxonómica promedio fue mayor en el bosque tropical subcaducifolio (91.52), y fue menor en el bosque de pino encino (88.10). Con respecto a las temporadas, la época de lluvia (92.31) fue la que presentó mayor distintividad taxonómica. Se determinó que el bosque de pino-encino tuvo los mayores valores de disimilitud taxonómica (28.6); mientras que el bosque tropical caducifolio y el de encino fueron los tipos de vegetación con menor disimilitud (9.9). El ensamblaje de lagartijas presentó un 50% de disimilitud entre las temporadas de lluvias y secas. Se concluye que todos los tipos de vegetación albergan una diversidad taxonómica de lagartijas cercana a la media esperada para la región. Además, se determinó que la disimilitud de taxones superiores de lagartijas entre tipos de vegetación en general es baja (<30).