Los bosques tropicales secos (BTS) de México constituyen el mayor porcentaje (38%) de la extensión total de este ecosistema en el Neotrópico. A pesar de su importancia como reservorios de carbono y su alto potencial como reguladores del clima regional, los BTS son uno de los biomas menos representados en los estudios globales de flujos de carbono. Durante los últimos 20 años, en México se ha producido una proporción significativa del conocimiento actual sobre la dinámica del carbono en los BTS en respuesta a factores meteorológicos, y sobre el papel de su fenología en el acoplamiento de flujos de carbono, agua y energía. El objetivo de este trabajo es examinar los resultados del monitoreo de flujos de CO2 en cinco BTS mexicanos pertenecientes al consorcio MexFlux. Los observatorios ecometeorológicos y sus respectivos periodos de actividad son: Tesopaco, Sonora (2004-2008); Chamela, Jalisco (2008-2013); Álamos, Sonora (2015-2020, BTS secundario); Álamos, Sonora (2016-2018, BTS maduro) y El Palmar, Yucatán (2016-2019). En todos los casos, se empleó la técnica de covarianza de flujos turbulentos o eddy covariance, un método directo y no invasivo que cuantifica el intercambio de CO2, vapor de agua y energía entre la vegetación y la atmósfera. De los resultados obtenidos emergen algunos patrones en la variabilidad de los flujos de carbono en los BTS: 1) la marcada estacionalidad de los periodos de foliación, madurez y senescencia de la vegetación, cuya temporalidad es modulada por el Monzón Norteamericano en el norte del país, la influencia de huracanes en la costa del Pacífico Central, y el acceso a agua sub-superficial en la Península de Yucatán; 2) la notable influencia de intensos pulsos de respiración en los balances anuales de carbono, tales pulsos ocurren en respuesta a las primeras lluvias del verano y aún a lluvias posteriores a periodos de sequía intraestacional; y 3) la importancia de la productividad de la temporada de crecimiento previa, en forma de un legado de substratos lábiles a la descomposición, y en consecuencia, la emisión de CO2 a la atmósfera tras las primeras lluvias estivales. Esta revisión del estado del conocimiento actual concluye con un análisis de la utilidad de los productos de percepción remota proximal y satelital como complemento al monitoreo directo, y con una reflexión propositiva de las investigaciones necesarias para abordar los huecos en el conocimiento de los BTS en el marco colaborativo del consorcio MexFlux.