La laguna de Bacalar (LB) en Quintana Roo, México; es una zona de alto interés por su potencial turístico. Sin embargo, el cambio de uso de suelo, la urbanización, ganadería extensiva y la agricultura, generan un impacto negativo en las comunidades vegetales adyacentes a las áreas que son hábitat de vida silvestre y grupos de vertebrados como las aves. Por lo tanto el objetivo de este estudio fue evaluar el nivel de conservación vegetal en la porción sur de la LB a través de la avifauna presente en sitios contrastantes con grados de conservación y sus preferencias de hábitat en las diferentes comunidades vegetales. Para evaluar el nivel de conservación de la LB, se realizaron muestreos mensuales a través de recorridos costeros por el cenote Xul-ha en transectos de 2.5 km. Se establecieron cuatro transectos: dos para sitios caracterizados como semiconservados y dos para sitios perturbados. Se obtuvo una riqueza total de 40 taxones, lo que corresponde al 8.1% de la avifauna de Quintana Roo y el 32% a aves de humedales (125 especies). Las curvas de acumulación de especies indicaron que los sitios semiconservados y perturbados tienden a alcanzar asíntotas y con un porcentaje de cobertura superior al 90%. En cuanto a la diversidad y estructura de la comunidad, no se observaron diferencias significativas. Sin embargo, los sitios semiconservados y perturbados tienen cada uno 11 especies únicas y comparten 18 especies. Las familias con mayor número de especies fueron Cathartidae y Trogonidae. Las tres especies más abundantes fueron Eupsittula nana (38%), Bubulcus ibis (32%) y Tyrannus couchii (% 25). Las especies Cairina mostacha, Aramus guarauna, Amazona albifrons y Eupsittula nana se encuentran en alguna categoría de riesgo según la normatividad mexicana. Las aves acuáticas tienen preferencia por las llanuras aluviales pantanosas con vegetación de manglares debido a la posible disponibilidad de alimento y preferencia de hábitat. La LB tiene una diversidad intermedia de especies de aves en comparación con estudios a nivel mexicano, el hábitat es importante para la conservación de la avifauna; ya que funciona como un reservorio de diversidad. Se han sugerido estrategias que promuevan el turismo sostenible, apoyen la restauración de la vegetación natural; y facilitar el desarrollo económico de la región.