La polinización es la transferencia de polen entre las partes masculinas y femeninas de las flores que permite la reproducción de las plantas, como recompensa los polinizadores obtienen recursos florales, tales como polen y néctar. El néctar es una solución rica en azúcares y otros compuestos. Debido a su alto contenido energético y nutricional el néctar puede proveer un hábitat para el crecimiento de microorganismos, principalmente levaduras y bacterias. Diferentes características del néctar pueden favorecer el crecimiento de ciertos grupos de microorganismos o imponer restricciones al crecimiento de otros, afectando la composición del microbioma. Un proceso que puede afectar la composición del néctar y por ende modificar la comunidad de microorganismos asociados al néctar es la domesticación. Los rasgos atribuidos a la domesticación son de relevancia directa para el uso humano; sin embargo, sabemos poco acerca de cómo la domesticación ha afectado la evolución de otros caracteres y su relación con la polinización. En este trabajo evaluamos el efecto de la domesticación sobre la integración de los caracteres florales y la química del néctar de especies domesticadas y silvestres del género Cucurbita. Tambien comparamos la abundancia y composición de bacterias y levaduras presentes en el néctar floral de las especies de Cucurbita por medio de metabarcoding. Se colocó un experimento de jardín común, donde se trabajó con cuatro especies del género Cucurbita con diferente grado de domesticación. Se midieron 16 caracteres morfológicos florales y se cuantificó el volumen del nećtar de 608 flores. También se colecto el néctar de 1024 flores sometidas a tres tratamientos: 1) néctar colectado al principio de la antesis de flores vírgenes, 2) néctar colectado al final de la antesis de flores vírgenes y 3) néctar colectado al final de la antesis de flores visitadas. De estas muestras se obtuvieron 153 mezclas de néctar, de las cuales se extrajo el ADN microbiano y se amplificaron los marcadores ITS2 para levaduras y 16S para bacterias. La mayoría de los caracteres florales difirieron entre especies de Cucurbita, siendo la especie C. sororia la que presentó un menor tamaño en todos los caracteres. Las flores femeninas presentaron mayor integración floral que las masculinas, siendo la especie C. pepo, la que presentó mayor integración floral. Las diferencias en los caracteres florales y el néctar podrían verse reflejados en la composición del microbioma del néctar floral.