Las aves tienen gran importancia biológica debido a que llevan a cabo importantes funciones ecológicas, por ejemplo, la polinización de gran cantidad de especies vegetales realizada por los colibríes (Aves, Trochilidae). Los colibríes son aves nectarívoras que tienen un metabolismo muy rápido y un tracto intestinal corto, por lo cual, deben ser muy eficientes en su digestión, para lo cual establecen relaciones mutualistas con sus comunidades microbianas intestinales. Este tipo de asociaciones les han permitido colonizar distintos tipos de hábitats, adaptándose a las condiciones particulares de éstos, en donde sus bacterias intestinales varían en función de las características de dichos ambientes. Con base en éste último enunciado, nosotros realizamos muestreos en tres ambientes contrastantes para evaluar la diversidad bacteriana asociada al tracto intestinal del colibrí Corona-Violeta (Leucolia violiceps) y evaluar si existen diferencias en la diversidad bacteriana entre los tres ambientes. Los tres ambientes fueron en el estado de Jalisco, 1) Área de vegetación silvestre Sierra de Quila en el municipio de Tecolotlán, 2) La zona urbana o Área Metropolitana de Guadalajara y 3) Un ambiente agrícola como fue un cultivo de agave en la zona tequilera de los Altos de Jalisco. Se secuenciaron las bacterias de 53 muestras fecales de los colibríes de los tres ambientes, la región V3-V5 del gen 16S del ARN fue secuenciada usando la técnica de metabarcoding. Los recursos florales de cada sitio fueron registrados así como las variables de temperatura y precipitación. Distintos análisis multivariados y univariados fueron realizados. Se encontraron distintas comunidades bacterianas en cada ambiente, se observó que la variación espacial registrada entre ambientes se debe principalmente a los parámetros ambientales y a los recursos alimenticios disponibles en cada sitio. Así mismo, a pesar de la variación por ambiente, existen grupos núcleo que se mantienen en los intestinos de los colibríes en todos los ambientes, como por ejemplo los géneros Corynebacterium, Lactobacillus, Mycoplasma, Alkanindiges y Lawsonia. Además, se encontraron algunos géneros asociados a patogenicidad principalmente en los ambientes urbanos y agrícolas. En conclusión la microbiota bacteriana de los colibríes varia entre tipo de ambiente, aunque también presentan un grupo bacteriano propio de este grupo de aves. Este trabajo es el primer acercamiento de la microbiota bacteriana de colibríes en México.