El género Bursera comprende alrededor de 100 especies de árboles y arbustos resinosos del bosque tropical seco, cuyo centro de endemismo y diversidad es la depresión del Balsas en México. Observaciones recurrentes en campo señalan que la hibridación en Bursera es un fenómeno frecuente en áreas donde cohabitan especies filogenéticamente cercanas y que deriva en la ocurrencia de individuos con morfología foliar intermedia. Sin embargo, no existe evidencia molecular que corrobore el origen híbrido de los individuos con morfología foliar intermedia entre especies de Bursera mexicanas. El presente estudio a través del análisis sobre la variación de secuencias de ADN nuclear (ETS y PEPC) y con modelos de nicho ecológico tiene como objetivo evaluar la ocurrencia de una zona de hibridación entre tres especies de Bursera (B. bipinnata, B. palmeri, y B. cuneata; sección Bullockia) en el Bajío mexicano. Se analizaron 101 individuos de ocho poblaciones, cuatro híbridas y cuatro parentales puras. Los datos genéticos demuestran el origen híbrido de los individuos con morfología foliar intermedia y revelan que B. cuneata es la especie parental genéticamente más cercana a los híbridos, mientras que B. palmeri es la más alejada. Los análisis además señalan que los híbridos poseen una alta diversidad genética, y similar en magnitud a B. bipinnata. Los modelos de nicho ecológico al presente proyectan una zona amplia de hibridación en el Bajío mexicano y sureste del país con una extensión de ~74,000 km2, y que predicen la ocurrencia de poblaciones híbridas conocidas. Los modelos de nicho ecológico en escenarios climáticos históricos sugieren que la zona de hibridación existió desde el Último Máximo Glacial (~21,000 años), la cual se extendió desde el Holoceno medio (~2,200 años) al presente. Los modelos de cambio climático al futuro sugieren un aumento de la zona de hibridación en el año 2050 al 2070. Este aumento de la zona de hibridación responde a incrementos en sus intervalos altitudinales y como se ha predicho para los bosques tropicales secos. Nuestro estudio es el primero en confirmar con datos moleculares y de modelos de nicho, la ocurrencia de hibridación entre especies de Bursera mexicanas, y sugiere complejos escenarios de hibridación interspecífica en el género.