Los ecosistemas dulceacuícolas son sistemas naturales altamente complejos y con gran valor biológico, ecológico y socioeconómico. Sin embargo, la ictiofauna dulceacuícola se encuentra en un estado crítico de conservación debido a la alteración y destrucción de sus hábitats a raíz de actividades antropogénicas en combinación con procesos ecosistémicos naturales. Para la región de Jalisco y Nayarit, existen diversos estudios que enfatizan la escasez de datos de peces dulceacuícolas y resaltan la amenaza a la que se están enfrentando dichos ecosistemas. Por tanto, es necesario obtener más información para implementar estrategias no sólo de conservación sino también de restauración. La hipótesis de este trabajo se centró en demostrar que la calidad ambiental alta en los ecosistemas dulceacuícolas presentará una mayor diversidad de peces. En este sentido, el objetivo principal de este trabajo, además de actualizar el registro de especies de peces dulceacuícolas en el área, fue determinar la relación de la calidad ambiental con la diversidad de peces dulceacuícolas en la subcuenca del río Ixtapa. Para evaluar la calidad ambiental se adaptaron las métricas establecidas en el índice de integridad biótica y el índice de calidad ambiental visual. Se muestrearon el total 15 sitios en temporada de secas entre el año 2020 y 2021, con el método de la electropesca complementado con la atarraya. La diversidad taxonómica del ensamblaje de peces dulceacuícolas se evaluó con el índice de distintitidad taxonómica promedio. Se determinó que 6 sitios presentaron calidad ambiental baja, 6 de calidad Regular y 2 calidad Buena. Los resultados mostraron que hay una correlación positiva entre la calidad ambiental y la diversidad de peces dulceacuícolas. El ensamblaje de especies de peces dulceacuícolas de la subcuenca del río Ixtapa se compone de 14 especies agrupadas en 13 géneros, 7 familias y 6 órdenes. A nivel de orden, el de mayor representatividad fue el orden de los Gobiiformes con cuatro especies. El presente estudio evidencia que los impactos antropogénicos y el grado de alteración de los ecosistemas pueden causar pérdida o disminución de especies. Los resultados obtenidos muestran que los índices utilizados son una herramienta sensible a detectar impactos sobre la diversidad ictiofaunística, por lo que pueden ser utilizados como base para programas de manejo, conservación y restauración de sistemas dulceacuícolas.