La deforestación y la degradación de los ecosistemas naturales contribuye con alrededor del 17% de las emisiones de dióxido de carbono (CO2) a nivel mundial y, por lo tanto, al cambio climático global. Los ecosistemas de montaña cubren más del 20% de la superficie del planeta, y en México, se caracterizan por los bosques de coníferas y latifoliadas, y los bosques de niebla que crecen a partir de los ∼1,500 msnm y por los pastizales alpinos que crecen a partir de los 3,700 msnm. Los ecosistemas de montaña de México, son globalmente reconocidos como ecosistemas de prioridad de conservación debido al gran número de endemismos y riqueza de especies que albergan. Tanto comunidades rurales, como poblaciones urbanas dependen de los servicios ambientales que proveen los hábitats de montaña de México, estos servicios incluyen la provisión de agua y la fertilidad del suelo. En este trabajo, evaluamos los almacenes de carbono de la biomasa y el suelo en bosques templados, pastizales alpinos, y tierras agrícolas dentro del Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca, con el objetivo de integrar estos hábitats en los inventarios forestales. Encontramos almacenes de carbono de 68 Mg C ha-1 en pastizales naturales y de 668 Mg C ha-1 en los bosques de oyamel o Abies religiosa. También encontramos que al evitar la conversión de los bosques de oyamel a tierras agrícolas se podrían evitar emisiones de 1,122 a 1,671 Mg CO2 ha-1. Recomendamos incluir los almacenes de carbono orgánico de los primeros 30 cm de suelo en los inventarios forestales, así como en los mercados voluntarios de carbono para incentivar su conservación y restauración.