Los ecosistemas acuáticos soin la principal fuente de agua para cubrir las necesidades de consumo humano y diversas actividades. Estos cuentan con gran riqueza de macroinvertebrados acuáticos, que participan en diversos procesos ecológicos al mover la energía a otros niveles tróficos. Los macroinvertebrados se emplean como bioindicadores para determinar el estado de salud de los sistemas acuáticos, por lo cual es muy importante conocer la diversidad de macroinvertebrados en sistemas acuáticos. La informacion proviene de la Colección de referencia de organismos acuáticos ECOSUR, los organismos fueron colectados en horario diurno y con un esfuerzo multihabitat (2003 al 2018) en 447 localidades los estados de Tabasco, Oaxaca, Veracruz, Chiapas, Q. Roo y Campeche. Se cuenta con 1,021,860 organismos, 94% representado por moluscos, 3% por crustáceos y 3 % por insectos, 56 % son dulceacuícolas y 44 % son costeros (estuarinos), además 68% en sistemas lénticos y 32 % en lóticos. El grupo mejor representado son los moluscos en sistemas dulceacuícolas; los crustáceos en Tabasco en sistemas costeros, y en el resto de los estados en sistemas dulceacuícolas. Se registran las especies invasoras de moluscos Tarebia granifera, Melanoides tuberculata, y Corbicula fluminea, con 35% de la abundancia total, domina T. granifera (27%), en los estados de Tabasco y Veracruz. Con respecto a la clase Insecta, solo hay registros en los estados de Tabasco y Veracruz, en sistemas dulceacuícolas lóticos. Cabe resaltar que la determinación de los insectos acuáticos solo esta hasta el nivel de género, lo cual es debido, por un lado, a la limitante de claves taxonómicas para este grupo hasta nivel de especie, además muchas de las claves existentes para determinar a nivel de especie, se basan en la morfología de machos y no de hembras.  Otro punto de suma importancia es la carencia de taxónomos especializados en cada grupo taxonómico en la región del sureste mexicano.