La hibridación es un fenómeno común en las plantas cuya frecuencia generalmente se estima a partir de reportes de hibridación espontánea basados en individuos con aparente morfología intermedia entre especies simpátricas, y en pocos casos se comprueba la extensión real de la hibridación con ayuda de marcadores moleculares. La familia Onagraceae posee varios géneros donde se ha sugerido la hibridación natural, en especial Fuchsia es un género ampliamente usado para producir cultivares ornamentales por lo que el éxito de las cruzas artificiales apoya la posibilidad de la hibridación en condiciones naturales entre especies simpátricas. Este estudio es el primero en buscar evidencia de la hibridación natural entre Fuchsia microphylla y F. thymifolia. Proponiendo que los individuos intermedios encontrados en la población simpátrica de Garnica son producto de la hibridación entre ambas especies, debido a que las especies tienen un traslape en su temporada de floración y comparten al menos un polinizador. Para corroborar la hibridación se usaron marcadores moleculares codominantes y de herencia materna, así como morfometría geométrica de hojas y estructuras florales, en individuos de poblaciones tanto simpátricas como alopátricas. Encontramos que morfológicamente los híbridos tienen hojas más parecidas a F. thymifolia, así como un tubo floral intermedio entre ambos padres.  Y aunque la forma de los pétalos y sépalos es más variable los híbridos tienden a parecerse más a F. microphylla en estas estructuras. Por otro lado, los microsatélites nucleares confirmaron el origen híbrido de 21 de los 22 individuos intermedios, los cuales, aunque tienen una mayor contribución genética de F. microphylla poseen alelos exclusivos de ambos progenitores. Las secuencias de cloroplasto indican que la hibridación puede ocurrir en ambos sentidos; y aunque la región ITS no fue amplificada exitosamente en todos los individuos, se caracterizó por mostrar dos copias ITS solo en los individuos híbridos de Garnica, contrario a la copia única en todos los demás individuos secuenciados. Además, se identificaron otros individuos con mezcla genética en poblaciones tanto simpátricas como alopátricas, por lo que la hibridación entre estas especies podría haber ocurrido en repetidas ocasiones a lo largo de su distribución total.