La diversidad biológica de México rebasa, por mucho, las expectativas de un territorio de poco más de 1, 964 km2. Particularmente, la diversidad de anfibios y reptiles se expresa con 421 y 970 especies respectivamente. Sin embargo, en esta nueva era en la que vivimos, comúnmente llamada el Antropoceno, esta diversidad se encuentra amenazada debido a factores que tienen su origen en el incremento de las poblaciones humanas. En este contexto, las áreas naturales protegidas (ANPs) se han convertido en un instrumento de protección que puede ser una promesa de conservación para muchas especies. En este trabajo analizamos la protección que proporciona el sistema de áreas naturales protegidas de México para conservar a las especies de anfibios y reptiles de México en peligro de extinción de acuerdo con la lista roja de la IUCN y la NOM 059. Se utilizaron los mapas de 243 especies de anfibios y 101 de reptiles amenazados (categorías Vu, En y CR) disponibles en el sitio web de la IUCN y P y A de la NOM 059 y se analizaron los patrones de amenazas en una escala de 400 km2 para identificar áreas críticas para la conservación (ACC). Además se calculó el porcentaje de área de distribución de cada especie que se encuentra dentro de las ANPs así como el tipo de uso de suelo donde las especies habitan. Las ACC encontradas en los anfibios coinciden de manera general con áreas de alta diversidad en México, como es la Sierra Madre del sur, la sierra Juárez, en Oaxaca, el centro de Veracruz y Puebla y el norte de Chiapas. Resulta evidente que hay un mayor número de especies en áreas relativamente conservadas, en tanto que las áreas secundarias poseen pocas especies de anfibios. Los reptiles por el contrario, se concentran en áreas costeras, dos de las ACC coinciden con las de los anfibios en Guerrero y Oaxaca, además estos organismos pueden tolerar una mayor alteración de su hábitat ya que una gran proporción de áreas transformadas albergan un gran número de especies. En general, las ACC suelen hallarse cerca de poblaciones humanas grandes lo que genera alteraciones importantes en los ambientes naturales como pérdida de hábitat, cambio en el uso del suelo y/o extracción de ejemplares de diversas especies. Las ACC pueden ser sitios prioritarios para la conservación de las herpetofauna mexicana.