Las regiones de afloramiento asociadas con zonas de mínimo oxígeno (ZMO) contribuyen del 30 al 50% en la pérdida total de nitrógeno (N) marino. Las comunidades microbianas juegan un papel central en el ciclo del N en las ZMO, como en el Pacífico Norte Tropical Oriental (PNTO), la ZMO más extensa e intensa del océano global. El PNTO frente a la costa mexicana se caracteriza por un afloramiento que sustenta una alta productividad y una ZMO persistente. Esta región está sujeta a la variabilidad climática de El Niño Oscilación del Sur, que modula la fuerza del afloramiento y la profundidad de la ZMO. Este trabajo explora la distribución espacio-temporal del bacterioplancton (por secuenciación masiva del 16S rRNA) y el potencial genético (mediante PCR cuantitativa) para la oxidación aerobia del amonio (gen amoA), desnitrificación (nirS y nirK), oxidación anaerobia del amonio (16S anammox) y reducción desasimiladora de nitrato a amonio (nrfA), así como sus relaciones con diferentes variables oceanográficas en un transecto (cuatro estaciones de costa a océano abierto y varias profundidades en la columna de agua) frente al Puerto de Mazatlán, en abril de 2018 (evento La Niña) y 2019 (evento El Niño). La disponibilidad de oxígeno y nutrientes influyó en la distribución del bacterioplancton y los genes del N a lo largo del transecto y la columna de agua. La zona eufótica oxigenada estuvo dominada por Synechococcales, Verrucomicrobiales, Rhodobacterales, SAR86 y Cellvibrionales, mientras que el fondo anóxico estuvo dominado por SAR406, SAR324, SAR202, UBA10353, Nitrosopumilales y Nitrospinales. El gen nrfA fue poco abundante en todas las muestras, mientras que el 16S anammox dominó el fondo anóxico de las estaciones oceánicas. La acumulación de nitrito y la gran abundancia de los genes amoA de arqueas, nirS y nirK en la parte superior de esta ZMO indican que la oxidación aerobia del amonio fue un proceso relevante que alimentó la comunidad desnitrificante en esta capa en ambos años. El Niño en 2019 generó un calentamiento del agua que ocasionó un aumento de la oxigenación y una reducción del suministro de nutrientes en la zona eufótica, produciendo cambios temporales en la comunidad microbiana en dicha capa, mientras que la comunidad se mantuvo estable en la ZMO. Estos resultados muestran la necesidad de estudios más detallados sobre la dinámica de estas comunidades en las ZMO que nos permitan predecir mejor el destino del N marino ante una mayor desoxigenación de los océanos.