El ensamblaje de las comunidades vegetales en paisajes antropogénicos tropicales plantea aún muchas interrogantes que deben abordarse para entender el efecto de la transformación de los bosques tropicales y sus perspectivas a futuro. En este estudio, nuestro objetivo fue identificar reglas de ensamblaje potenciales que subyacen a la coexistencia de especies en bosques secundarios y maduros, así como evaluar la capacidad de los datos espectrales para detectar estos procesos ecológicos en el bosque tropical seco de Jalisco (BTS), México. Para ello, de 10 comunidades vegetales del BTS de Chamela-Cuixmala (5 representando bosques secundarios y 5 representando bosques maduros), obtuvimos los siguientes datos: 1) el contenido foliar de fitoquímicos de defensa, 2) atributos funcionales foliares tales como el contenido de clorofila, el contenido de agua, el contenido de materia seca, el grosor, la densidad, el área foliar específica y el contenido de masa fresca de la hoja, 3) las firmas espectrales foliares. Adicionalmente caracterizamos el ambiente tanto aéreo como edáfico de cada sitio de estudio. Encontramos que:1) el contenido fitoquímico se asoció con una alta densidad foliar y con la masa fresca, lo que resulta en hojas resistentes a la sequía y alta radiación, con defensas químicas y físicas contra el ataque de herbívoros/patógenos; 2) los filtros ambientales podrían modular la expresión mejorada de fitoquímicos defensivos en bosques secundarios, 3) en los bosques maduros pueden coexistir diferentes estrategias defensivas, donde una mayor riqueza de especies podría diluir la prevalencia de patógenos/herbívoros. 4) la reflectancia espectral de la vegetación fue útil para reflejar la diversidad tanto taxonómica como funcional de la vegetación, el nivel de heterogeneidad entre hábitats conservados y perturbados, y la acción de filtros internos y externos que modulan la variación intraespecífica al interior de las comunidades. Por tanto, el análisis ecológico de los datos espectrales estaría brindando una gran cantidad de información relacionada a los patrones generales de riqueza y diversidad de las comunidades, así como relativa al ensamblaje de las comunidades. Estos resultados permiten inferir los patrones, procesos y mecanismos ecológicos que podrían modular la naturaleza de las comunidades vegetales en los paisajes antropogénicos del BTS.