La conservación Circa situm se refiere a la preservación de árboles plantados y/o remanentes en la frontera cultivada-silvestre donde la vegetación natural se ha perdido o modificado significativamente a través de la expansión agrícola. Los árboles en condiciones circa situm pueden ser importantes reservorios de diversidad genética. El objetivo de este estudio fue determinar el papel de la conservación Circa situm en el mantenimiento de la diversidad y estructura genética y los patrones de apareamiento, por lo tanto comparamos estos parámetros entre grupos de árboles plantados y poblaciones silvestres del árbol Spondias purpurea en el noroeste de Costa Rica. S. purpurea, el ciruelo rojo, es un árbol importante para la economía local, debido al consumo y venta de sus frutos. Mediante el uso de siete loci microsatélites, genotipificamos 201 adultos y 648 semillas de árboles plantados y poblaciones silvestres en tres sitios de estudio. En general, encontramos un promedio de 3.85 alelos por locus y una heterocigosidad esperada de 0.49. No encontramos diferencias en la diversidad genética entre los árboles plantados y silvestres y el análisis de estructura genética (DCAP) reveló una mezcla genética entre los grupos plantados y silvestres. La diversidad y equitatividad clonal fueron altas y similares entre los grupos plantados y silvestres (D> 0.9; E> 0.62). El número de donadores de polen fue bajo para cada grupo de plantas (Nep= 1.01) lo cual resultó en altos niveles de paternidad correlacionada (rp= 0.9). El 4.6 % del total de la progenie analizada tenía genotipos multilocus idénticos a los árboles maternos, lo que indica formación asexual de semillas. Nuestros resultados indican que los árboles plantados en condiciones circa situm pueden albergar altos niveles de diversidad genética como resultado del cruce y la propagación vegetativa de genotipos heterocigotos. La baja estructura genética puede ser resultado del flujo de genes entre árboles silvestres y cultivados. La formación de frutos ocurre mediante reproducción sexual, pero también por mecanismos de aseguramiento reproductivo como la apomixis. La conservación Circa situm es una estrategia para obtener recursos vegetales de plantas de interés etnobotánico y puede preservar altos niveles de diversidad genética.