San Miguel de Allende no sólo es una Ciudad Patrimonio de la Humanidad multipremiada, es una ciudad al pie del Volcán "Palo Huérfano", enclavado en la Sierra de los Picachos. De igual forma este territorio es cuna de una fauna fósil (mastodontes, tigres dientes de sable, camélidos, gliptodontes, entre otros) que habitaron lagos someros durante el Plioceno hace aproximadamente 3.5 millones de años.

Aquí se localiza el segundo humedal más grande de Guanajuato "La Presa Ignacio Allende" y es una ruta migratoria de una gran diversidad de aves acuáticas y neotropicales, así como corredor de gran relevancia biológica de la mariposa Monarca.

En su territorio se localizan más de 500 comunidades rurales con una gran diversidad de ecosistemas que lo convierten también en un Patrimonio Natural. Se cuenta con bosques templados de variedades de encino, incluyendo el roble; con bosques de mezquite y gran diversidad de especies arbóreas y arbustivas nativas únicas en la región, entre ellos; un ecosistema ripario en las márgenes del Río Laja, con diversidad de especies ribereñas como los sauces, álamos, nogales y fresnos entre otras especies.

San Miguel de Allende no es ni puedes ser un territorio aislado, ya que es parte de la cuenca hidrográfica del Río Laja-Laguna Seca que se extiende del noroccidente al noreste del estado de Guanajuato, ocupando una cuarta parte del territorio del estado que incluye 9 municipios y cuya delimitación al sur se confina en la Presa Ignacio Allende que recibe las aguas del norte a través del Río Laja y las aguas del oriente provenientes de la Márgara y Támbula canalizadas a través del Arroyo de Cachinches que cruza la Ciudad Patrimonio.

Los servicios ambientales que provee esta región son fundamentales tanto para los habitantes como para la biodiversidad de las zonas urbanas y rurales. Son servicios provistos por la naturaleza, donde la red hidrográfica juega un papel hidrodinámico fundamental en la relación cuenca-ciudad que está determinada por corredores hidrobiológicos.

Para que los servicios ambientales puedan permanecer, aún con la expansión urbana, es claro que se requiere de una estrategia de conservación y de restauración a través de un Plan de Manejo Integrado de Cuenca, que considere; desde su diseño, planeación e implementación, la participación activa de los sectores de la sociedad de la zona urbana y rural de la Subcuenca Alta del Río Laja.